清廷在平定天山北路准噶尔部和天山南路的“回部”之后，随即采取一① 《回疆通志》卷12。

　　系列措施，加强清廷对新疆的统治。

　　首先强化新疆地方的统治机构，乾隆二十七年（1762）设置“总统新疆南北两路事务”的伊犁将军，驻扎伊犁，统辖全疆军政事务。然后在新疆北路设置乌鲁木齐都统和塔尔巴哈台参赞大臣，管辖乌鲁木齐、巴里坤、吐鲁番、塔城诸处军政；又在新疆南路设置喀什噶尔参赞大臣，下辖叶尔羌、和阗、英吉沙尔、乌什、阿克苏、辟展、巴里坤、哈密等处的办事大臣，以及吐鲁番的领队大臣。对于天山南路的“回部”维吾尔族聚居区，仍承袭原有的伯克制，各城仍设阿奇木伯克（即正城主）和伊什罕伯克（即副城主），但均由参赞大臣奏请皇帝简放，品级自三品至七品不等，管理当地的回城民政事务。

　　其次，为了发展新疆经济和加强对新疆地区的统治，清廷在新疆各地大力开展屯田。东起巴里坤，西至伊犁河，广泛垦田开荒。早在康熙、雍正年间用兵准噶尔时，即于新疆屯田，乾隆年间，屯田范围日广。据不完全统计，乾隆三十一年（1766）仅新疆绿营军的营屯亩数已达179290 亩；到乾隆四十年（1775）时，仅新疆募民屯垦的户屯亩数已达280253 亩。在大兴屯田的同时，为了繁荣工商业，清廷在阿克苏设铸钱局，铸造“乾隆通宝”铜币，发行新疆各地。

　　再次，新疆地处西部边陲，交通不便，为了及时传递消息，清廷在天山南北主要交通线普遍设立“军台”。

　　第五节安定西南辖治蒙区西藏直隶朝廷清入关以前，于崇德四年（1639）曾派专使入藏联系。崇德七年（1642），西藏各教派首领派遣伊拉古克三等专使到盛京朝贡。同年，和硕特蒙古顾实汗杀藏巴汗，尊五世达赖喇嘛罗桑嘉错为宗教领袖，控制了西藏地方的权力，后又于顺治二年（1645），赠四世班禅罗桑却吉坚赞以“班禅博克多”的尊号，以分割五世达赖喇嘛的权力，巩固其在西藏的统治地位。

　　清入关定都北京以后，清廷进一步加强与西藏的联系。顺治八年（1653），顺治皇帝派恰噶喇嘛、嘉饶喇嘛入藏，问候达赖和班禅，并邀请五世达赖喇嘛到北京会晤。顺治九年（1654），顺治帝在太和殿设宴为达赖洗尘。翌年，五世达赖喇嘛返藏，顺治帝又在南苑设宴为之饯行，册封五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普遍瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”，册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”。明确了五世达赖喇嘛的宗教领袖地位和承认顾实汗对西藏地方的统治。

　　准噶尔部的侵扰，结束了长期以来清廷依靠和硕特蒙古统治西藏的局面，清廷开始着手重新组建西藏地方政权。采取噶伦共同掌政制度，即由清廷委任五人为噶伦（开始时四人），其中一人为首席噶伦，一总西藏地方政务。乾隆十五年（1750），清廷下令废藏王，建立噶厦（发令机关），于驻藏大臣和达赖喇嘛之下，设四噶伦（三俗一僧）分理政务。四噶伦地位平等，互不统属。自此，达赖喇嘛由西藏地方的宗教领袖转而成为政治领袖。这样，西藏的噶厦即成“政教合一”的地方政权，隶属于清帝。与此同时，提高驻藏大臣的地位和扩大驻藏大臣的职权。

　　乾隆五十六年（1791），又发生了廓尔喀人（尼泊尔的一个民族）入侵西藏事件。廓尔喀为了达到扩张其势力的目的，借口边境税收纠纷，大举入侵，掠夺后藏，残杀藏民。八世达赖喇嘛和七世班禅报请清廷发兵。乾隆帝即派大将军福康安率领由满、汉、蒙、藏等各民族人组成的军队一万七千人入藏，在藏族人民的支援下，乾隆五十七年（1792）五月，即将廓尔喀人全部逐出西藏，迫使廓尔喀“军前乞降”，永不再犯。

　　廓尔喀军能很快深入后藏地区，充分暴露西藏噶厦地方政权的弱点和弊端，官吏贪污舞弊，兵备废弛，若不改弦更张，西藏政局就不能安定。乾隆帝命福康安等会同西藏各方人士，筹议西藏善后章程。经过先后多次会奏，最后经清帝批准，于乾隆五十八年（1793） 正式颁布《钦定藏内善后章程》。《章程》第一条首先明确规定：“驻藏大臣督办藏内事务。”①地位与达赖喇嘛、班禅平等，噶伦以下官员尽为驻藏大臣属员，事无大小，均应禀① 《卫藏通志》卷12。

　　告驻藏大臣办理。特别是清廷接受了以往为达赖喇嘛呼毕勒罕（化身）纷争不已的教训，创设了“金瓶掣签”制度，即在达赖喇嘛的化身出世之后，将西藏各地报出的呼毕勒罕，由驻藏大臣将姓名、出生年月日，用满、汉、藏文缮写在牙签上，投入“金奔巴”（即金瓶）瓶中，然后由驻藏大臣亲自用象牙筷子从中取出一根，以此认定继承达赖喇嘛的灵童，然后在驻藏大臣主持下举行坐床典礼。由此，明确规定了达赖喇嘛和班禅转世，必须由驻藏大臣亲临并履行“金瓶掣签”手续。此外，又规定西藏地方上起噶伦下至营官的所有大小官员，一律由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选，分别奏补拣放。并对官位的品级、铨选亦作了详细规定。

　　驻藏大臣对于西藏的3000 名藏军，负有督察、校阅等责任，藏军的大小军官均由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣放，经过考验，有权升擢和斥革。另外派绿旗兵一千名驻藏。驻藏大臣每年春伙两季定期巡边，并派人沿边设鄂博（用石块堆砌以作定界）。