西藏的外交大权一律集中于驻藏大臣。达赖喇嘛和班禅与邻国的来往书信，必须交驻藏大臣阅视，回信必须由驻藏大臣代为酌定，邻国侨商入藏，必须持有驻藏大臣颁发的执照。

　　此外，驻藏大臣对西藏的宗教事务、司法案件，均有管理和核定之权。

　　对于西藏的财政亦有“稽查总核”之权。总之，驻藏大臣作为清朝中央政府的代表，在西藏地方行使全面的统治权力。《章程》还规定，西藏地方的赋税和财政收入，一律归西藏地方支用。驻藏军队的费用及西藏地方主要官吏的俸禄一律由中央政府支出。在西藏地方设铸钱局铸造银币，统一货币的成色和折算比价。对内对外贸易，统一税收标准，设卡查验。

　　《章程》进一步以文字的形式肯定了西藏地方与清朝中央政府早就开始的隶属关系，具有法律条文的性质。《章程》的制定，对于进一步加强清朝中央政府对西藏的统治，对于稳定西藏的政局，以及维护多民族国家的统一，都有很大的积极意义。

　　改土归流“改土归流”，就是废除西南各少数民族地区的土司制度，改由中央政府委派流官直接进行统治，实行和内地相同的地方行政制度。流官的任免、升迁、调遣均由中央政府决定，不能世袭。明代已经在西南地区部分地施行“改土归流”，但大规模地在西南地区推行“改土归流”，是在清代雍正年间。

　　我国西南地区历来为少数民族聚居地区，苗、彝、瑶、壮、白等兄弟民族分布在贵州、云南、广西、四川和湖南等地。由于地处边陲，交通不便，经济文化较为落后，所以元明时期中央王朝对这一地区推行一种特殊的地方行政制度，即土司制度，也就是由中央政府指定当地少数民族的部族首领充任少数民族聚居区的各级官吏，史称土司和土官。土司有宣慰司、宣抚司、安抚司等官爵名号，虽是皇帝封赐，但实际上具有浓厚的割据性，官位实行世袭制。土官是按照汉族的地方行政制度设立府、州、县，并委派少数民族的首领担任土知府、土知州、土知县。土官虽由朝廷委任，但和土司一样，亦割据一方，世代世袭。初设土司、土官，以统治少数民族，曾在一定程度上起到维护中央王朝在这些地区统治的作用。但随着土司制度的发展，土司的势力越来越大，终成尾大不掉之势，这些少数民族的上层首领或不听中央号令，或阳奉阴违，或发动叛乱对抗朝廷，他们极力维护落后的旧制度，名为朝廷命官，实际是割据一方的土皇帝。地处边隅的土司，更是“无事近患腹心，有事远通外国”。他们自恃拥有辖地广阔的世袭领地和大批骄兵悍将，根本不愿受朝廷的约束，代表了分裂割据势力，阻碍了少数民族地区社会政治、经济、文化的发展，日益成为多民族国家统一的障碍。清初土司叛乱屡有发生。

　　雍正四年（1726），云贵总督鄂尔泰奏请改土归流，胤禛即委派鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督，办理西南地区的改土归流事宜。自此，清廷即在云南、贵州、广西、四川、湖南等地大力推行改土归流，废除土司，按照内地的府、州、县行政制度，委派非世袭的流官进行统治。军事上解除了土司的土兵，清廷另派军队到土司原来的管辖区进行驻扎。经济上由中央政府统一丈量土地，然后制定统一的税收标准。

　　清代的改土归流，始于康熙朝，盛于雍正朝，收于乾隆朝。雍正四年到雍正十三年（1726—1735），是清廷在西南地区实行大规模改土归流的集中时期。清廷实行改土归流的目的，是为了强化其在西南少数民族地区的统治。改土归流之后，清廷在西南地区实行保甲制度，凡遇有事，“逐村清理、逐户稽查”，加强了封建地主阶级专政。在实施改土归流的过程中，使用了武力进剿的手段，曾使少数民族地区的人民蒙受很大的战争灾难，许多无辜的人民遭到清军的杀戮，生产遭到严重的破坏。此外，由于清廷完全从有利于其统治目的出发，因此，改流并不彻底。清廷在云南、贵州、四川裁去土司的“土官”称号，取消其权力的同时，继续授予“土舍”、“土弁”等名目，以此作为封建基层统治的工具以及中央委派来的流官的助手。个别地区甚至又设新土司，四川就曾新设安抚司11 个、宣慰司1 个。这就使得土司制度的残余得以长期保存下来。加之，清代吏治败坏，许多流官贪婪成性，到任以后，大肆盘剥西南少数民族人民。所以，改流以后，许多地方残破落后的局面并没有很大变化。

　　但是，作为西南地区政权体制上的一次改革，改土归流的历史作用仍然是应当肯定的。首先，改土归流有利于多民族国家的统一，有利于多民族国家内部的经济、文化的交流，从而部分地消灭了长期以来存在土司政权的割据状态，稳定了西南地区的政局。其次，改土归流在某种程度上调整了生产关系，促进了西南少数民族地区社会经济的发展。过去那种刀耕火种、与世隔绝的状况，由于汉族地区先进的生产技术、耕作技术、优良的作物品种传到了西南地区，对闭塞落后的西南地区的农业发展起了促进作用。再次，改土归流后，由于政权体制的一致，有利于兄弟民族之间的渗透和交融，对于中华民族大家庭的巩固和发展起了积极的作用。

　　蒙区尽隶清帝对北方的蒙古族，清廷早在入关前后就与其建立了密切的关系。康、雍、乾时期，清廷与蒙古族的关系进一步发展。康熙年间，为了团结北方的蒙古族，清朝于康熙二十年（1681），在喀喇沁、翁牛特、敖汉、克什克腾、巴林等部蒙古王公敬献牧场后，正式设置了清朝最大的围场——木兰围场。后来避暑山庄和外八庙相继建成后，每年夏秋之际，清朝皇帝即带领宗室亲王、文武百官以及蒙吉王公、漠南蒙古内札萨克49 旗，漠北喀尔喀和漠西四卫拉特，以及青海蒙古等部札萨克，不下百余旗，到木兰围场狩猎，史称“木兰秋狝”。蒙古各部汗贝勒台吉都要向清朝皇帝敬献“九白”“三贡”和进家宴。行围后，清朝皇帝要向扈从行围的蒙古王公贵族和官兵赉宴，并赏赐金银、绸缎以及弓矢、鞍马等物品。通过行围狩猎，进一步加强了清廷与蒙古各部上层人物之间的关系，密切了蒙古族之间的关系。自康熙二十年到乾隆六十年（1681—1795），康熙帝玄烨、乾隆帝弘历共北巡101 次，其中木兰行围89 次。木兰秋狝既训练了八旗军队，又结好北方蒙古各部。