贞观佐命元勋唐太宗即位后，无忌迁升左武侯大将军。贞观元年（627），再迁任吏部尚书。唐太宗论定佐命功臣，以无忌为第一等大功，又进封齐国公，实封一千三百户。无忌身为佐命元勋，又为皇后兄长，受到唐太宗的特殊礼遇，并得以经常出入太宗卧室。很快又升为尚书左仆射，开始执掌朝政。

　　这一年，东突厥内乱，不少大臣上言欲乘机攻灭突厥。唐太宗感到：突厥君臣昏乱，不出兵则坐失了良机；出兵又违背了同盟之义。他犹豫不定，一时难以决断，便召问宰相。萧瑀以为“兼弱攻昧，击之为善”。而无忌却主张：“今国家务在戢兵，待其寇边，方可讨击。彼既已弱，必不能来。若深入虏廷，臣未见其可。且按甲存信，臣以为宜。”他主张休养生息，反对穷兵黩武，显然是符合客观现实的，因而得到了唐太宗的赞同。

　　唐太宗非常亲重长孙无忌。贞观二年（628）在南郊祭祀完毕，即命长孙无忌与司空裴寂同乘金辂。裴寂推辞，太宗说：“以公有佐命之勋，无忌亦宣力于朕，同载参乘，非公而谁！”①于是三人同乘而归。

　　有人上表说长孙无忌权宠太盛，对长孙无忌深信不疑的唐太宗手持奏表① 《旧唐书》卷六五《长孙无忌传》。下引本传，不另加注。

　　① 《旧唐书》卷六四《隐太子传》。

　　① 《旧唐书》卷五七《裴寂传》。

　　对他说：“我与公君臣间无少疑，使各怀所闻不言，斯则蔽矣。”并转而对群臣说：“朕子幼，无忌于我有大功，视之犹子也。疏间亲、新间旧之谓不顺，朕无取焉。”②尽管太宗对他毫无嫌疑，而无忌却自惧盈满，请求辞职，长孙皇后也屡次劝说。太宗不得已，遂解除了他的左仆射之职，授任开府仪同三司。

　　贞观七年（633）十月，长孙无忌被册拜为司空，位居三公。无忌再三推辞，太宗总是不允。他又让高士廉上奏说：“臣幸居外戚，恐招圣主私亲之诮，敢以死请。”太宗仍然不答应，并说，任官必择才行，若无才行，即是至亲，也不虚授，任用无忌是取其才行，“无忌聪明鉴悟，雅有武略，公等所知，朕故委之台鼎”。无忌又亲自上表辞让，太宗诏令回报他说：“昔黄帝得力牧而为五帝先，夏禹得咎由而为三王祖，齐桓得管仲而为五伯长。朕自居藩邸，公为腹心，遂得廓清宇内，君临天下，以公功绩才望，允称具赡，故授此官，无宜多让也。”

　　唐太宗追思创业之艰难及长孙无忌的佐命之力，于是作《威凤赋》赐与他。太宗在赋中把无忌比喻成一只威凤，“资长风以举翰，戾天衢而远翔。西翥则烟氛闭色，东飞则日月腾光。化垂鹏于北裔，驯群鸟于南荒。殄乱世而方降，应明时而自彰”，以颂扬其功。

　　长孙无忌认为，治理好国家在于君臣同心同德，孜孜于治。贞观十一年（637）春，唐太宗巡幸洛阳宫时，曾谈及隋朝的灭亡。无忌奏说：“隋氏之亡，其君则杜塞忠谠之言，臣则苟欲自全，左右有过，初不纠举，寇盗滋蔓，亦不实陈。据此，即不惟天道，实由君臣不相匡弼。”太宗深以为然，当即表示说：“朕与卿等承其余弊，惟须弘道移风，使万世永赖矣。”①这年六月，唐太宗以为封建亲贤当是子孙长久之道，分封了诸王之后又要分封功臣为世袭刺史。长孙无忌被封为赵州刺史，改封赵国公。长孙无忌认为实行分封有害无益，遂与房玄龄联名上《请罢功臣袭封表》，以规谏太宗。他们的上表，首先陈述了历史上的变迁，时代变了，不应墨守成规。他说：“臣闻质文迭变，皇王之迹有殊；今古相沿，致理之方乃革。缅维三代，习俗靡常，爰制五等，随时作教。盖由力不能制，因而利之，礼乐节文，多非己出。迨夫两汉，用矫前违，置守颁条，蠲除曩弊。无益之文，覃及万方，不易之礼，有逾千载。”接着又分析了世袭刺史的弊病，指出了四不可：一是“违时易务，曲树私恩，谋及庶僚，义非佥允。方招史册之诮，有紊圣代之纲”；二是或“器识庸陋”，或“情缘右戚”，搞世袭是“重裂山河，愈彰滥赏”；三是“孩童嗣联，义乖师佥之方”，他们专擅地方，就可能“上干天宪，彝典既有常科，下扰生民，必致余殃于后，一挂刑网，自取夷灭”；四是“求贤分政，古称良守，寄在共理”。如行世袭，“封植儿曹，失于求瘼，百姓不幸，将焉用之”①。上表极陈世袭刺史于国、于民、于功臣之弊，剖析事理颇深。太宗见了上表，又发现功臣多不愿世牧外州，遂停止了分封功臣的做法。显而易见，无忌等反对分封世袭，对于维护国家的统一与安定，防止分裂割据形势的出现无疑是有积极意义的。

　　贞观十六年（642），长孙无忌被册拜为司空。翌年，唐太宗于凌烟阁为② 《新唐书》卷一○五《长孙无忌传》。

　　① 《贞观政要》卷十。

　　① 《文苑英华》卷六○七《请罢功臣袭封表》。

　　功臣图像，他身居二十四功臣之首。

　　就在这年四月，太子承乾被废为庶人，魏王李泰又有夺宗之心。有的大臣也赞成立魏王为太子，太宗一时尚举棋不定。长孙无忌与褚遂良等大臣支持立晋王李治。当太宗表示要立晋王时，无忌当即表示说：“谨奉诏。有异议者，臣请斩之。”太宗询问他朝臣对立晋王的意见如何时，他又果断地回答说：“晋王仁孝，天下属心久矣。伏乞陛下召问百僚，必无异辞。若不蹈舞同音，臣负陛下万死。”在无忌等人的大力赞助下，晋王李治终于被立为太子。同时，他也被任命为太子太师，以辅佐太子。