元廷将中原红巾军视为心腹之患，不断派出重兵血腥镇压。赫厮、秃赤率阿速军镇压失败后，又于至正十一年九月派御史大夫也先帖木儿以知枢密院事与卫王宽彻哥率诸卫兵十余万前往河南；十月，又增派知枢密院事老章至河南。十二月，元军破上蔡，俘杀红巾军将领韩咬儿。十二年三月，元军陷汝宁。红巾军偷袭驻守沙河岸边的知行枢密院事巩卜班军，杀巩卜班，元军退数百里。不久，也先帖木儿再驻沙河，某夜，军中夜惊，也先帖木儿尽① 嘉靖《邵武府志》卷二，黄镇成撰碑。

　　② 《庚申外史》；《元史》卷一八四《韩元善传》。

　　弃军资器械、粮草、车辆，率残兵退至朱仙镇。当时官军之腐败，由此可见一斑。

　　至正十二年（1352）八月，脱脱亲率大军出征徐州芝麻李。九月，破城，元军进行大屠杀，芝麻李被俘杀，赵均用、彭大、彭早住等率余众奔濠州郭子兴。脱脱命贾鲁围濠州，贾鲁不久病卒。次年五月，元军撤围。彭早住称鲁淮王，赵均用称永义王，势力在郭子兴之上。十四年，彭、赵东去盱眙、泗州等地。

　　南锁红军和北锁红军活跃于南阳、襄阳及汉水流域一带，拥众达十余万。元廷遣四川行省参知政事答失八都鲁等分路“围剿”。至正十二年五月，答失八都鲁陷襄阳，布王三被俘杀，北锁红军先被镇压。十四年正月，答失八都鲁再陷峡州（今湖北宜昌），南锁红军也被镇压。

　　南方红巾军虽分兵四出，夺取许多城池，但所得多不能守。北方红巾军受察罕帖木儿、李思齐“义兵”牵制脱脱又荡平了徐州芝麻李，北锁红军被答失八都鲁镇压，使南方红巾军失去屏障。于是，南方各省元军从四面八方前来“围剿”。赵普胜、李普胜率领的江淮水师因孤立无援，退守巢湖自保。至正十三年（1353）十一月，元江西行省右丞火你赤破瑞州，彭莹玉等惨遭杀害。十二月，江浙行省平章卜颜帖木儿、南台御史中丞蛮子海牙、四川行省参知政事哈临秃、左丞秃失里、西宁王牙罕沙等联合进攻天完政权都城蕲水，城破，天完政权四百多名官员被屠杀，徐寿辉等遁入黄梅山和沔阳湖中。至此，南北红巾军经过最初两年的战斗，虽然摧毁了许多元朝地方政权，对元朝统治和各地地主富豪打击十分沉重，但敌人的势力仍然十分强大，红巾军又牺牲了韩山童、彭莹玉这样的杰出领袖，因而遇到了暂时的挫折。

　　起义再起和最后失败正当红巾军处于劣势之时，至正十三年正月，泰州白驹场（今属江苏东台）盐贩张士诚与其弟士义、士德、士信及李伯升等18 人，杀多次窘辱过士诚的弓兵丘义及诸富户，募集盐丁起兵。四月，攻破泰州，拥众万余。五月，克兴化。未几，又克高邮。十四年正月，士诚自称诚王，国号大周，改元天佑。九月，妥欢贴睦尔命脱脱出师高邮。脱脱总诸王各爱马、诸省各翼军马，董督总兵、领兵大小官将，号称百万，“旌旗累千里，金鼓震野，出师之盛，未有过之者”（《元史·脱脱传》）。十一月，元军抵高邮，士诚大败，退入城中不出。元军分兵破六合、盐城、兴化等地。高邮被围，城中不可支，日议投降事，但又恐罪不能赦，不敢投降。十二月，妥欢贴睦尔突然下诏削去脱脱兵权，顿时引起一场混乱，百万元军不战自溃，形势发生急遽变化。

　　元廷自己制造的这场动乱是元朝政治腐败、妥欢贴睦尔走向堕落的必然结果。先是脱脱复相之前，康里人哈麻、雪雪兄弟屡次在帝面前为其美言，脱脱复相后深为感激，升哈麻为中书右丞。不久，哈麻与脱脱发生矛盾，降为宣政院使，于是对脱脱怀恨在心。他偷偷引进西天僧教妥欢贴睦尔运气术，哈麻妹婿集贤大学士秃鲁帖木儿亦荐西蕃僧伽磷真，所教者名“演揲儿”，汉语“大喜乐”。大喜乐是一种宗教舞蹈，又是一种气功。秃鲁帖木儿利用这种运气及房中之术，诱导妥欢贴睦尔进行淫乐。秃鲁帖木儿又荐老的沙等10 人，号称“倚纳”。这些“倚纳”用高丽宫女为耳目，专门刺探公卿贵人家的命妇，市井街坊的良家妇女，引入宫中，供妥欢贴睦尔和这些“倚纳”淫乐。妥欢贴睦尔与推行至正新政时判若两人，全然不顾皇帝尊严，与这些男女相与亵狎，甚至男女赤身裸体，寻欢作乐。其淫乐的秘室即筑于宣文阁之旁，称之为“皆即兀该”，汉语“事事无碍”的意思。又在上都修穆清阁，有房数百间，亦为大喜乐的场所。当时，“君臣宣淫，而群僧出入禁中，无所禁止，丑声秽行，虽市井之人，亦恶闻之”（《庚申外史》）。脱脱对此亦深恶痛绝，欲将哈麻除之。哈麻获悉后，百般挑拨皇后、皇太子爱猷识理达腊与脱脱兄弟的关系。脱脱出征高邮后，妥欢贴睦尔任命哈麻为中书平章政事，哈麻唆使监察御史奏劾脱脱和也先帖木儿罪行，故妥欢贴睦尔下诏削脱脱兵权，命谪迁云南镇西路（今腾冲西），家产籍没。十五年十二月，哈麻矫旨遣使鸩死脱脱于云南贬所。

　　高邮战役是元末农民战争的一个转折点。“大军百万，一时四散。..其散而无所附者，多从红军，铁甲一军入襄阳，号铁甲兵者是也”（《庚申外史》）。从此，元廷再也没有力量纠集如此众多的兵力来镇压起义军，只能主要依靠地主武装来维护其摇摇欲坠的统治。农民起义军则以此为转折，重新积聚力量，组织队伍，掀起规模更大的武装斗争高潮。

　　至正十五年（1350）二月，刘福通迎韩山童子林儿于砀山夹河，在亳州（今安徽亳县）正式建立宋政权，改元龙凤，立林儿为帝，号“小明王”。以杜遵道、盛文郁为丞相，罗文素、刘福通为平章，福通弟刘六为知枢密院事。不久，因杜遵道专权，被福通杀死，福通自任丞相，加封太保。宋政权的机构建设逐步完善，中央有中书省、枢密院、御史台，中书省下设六部；地方设行中书省，先后曾建立过淮安行省（平章赵均用）、江南行省（平章朱元璋）、益都行省（平章毛贵）、曹州行省（平章武某）、辽阳行省（平章毛居敬、潘诚、关铎、沙刘二等），行省下置府、县；管军机构与天完政权同。