第六，整顿吏治。元末官贪吏污，吏治败坏。脱脱上台后对地方官提出了新的要求，创立六条标准，“先是以五事备取守令，至是取守令以常年仓得法，凑成六事”（《庚申外史》）。又制定《守令黜陟之法》：“六事备者升一等，四事备者减一资，三事备者平迁，六事俱不备者降一等。”（《元史·顺帝纪》）

　　主持“三史”的修撰脱脱在执政期间还主持修撰辽、金、宋三史。由于更化政策的推行，伯颜专权时辞归的儒臣这时纷纷应召入国史馆，脱脱受命为三史都总裁官，以中书平章政事、康里人铁木儿塔识，中书右丞太平，御史中丞张起岩，翰林学士欧阳玄，侍御史吕思诚，翰林侍讲学士揭傒斯为总裁官，经过挑选淘汰确定了一批修史官，他们之中除汉人外，还有畏兀儿、哈剌鲁、唐兀、钦察等族的史学家。如此众多的少数民族学者参加修史，这在全部二十四史中是仅见的。脱脱虽然没有秉笔修史，但却是一位名副其实的都总裁。他以江南三省前南宋的学田钱粮为修史费用，解决了经费困难问题；辽、金、宋三朝谁为“正统”问题，长期以来争论不休，影响修史开展，脱脱主张三史分别撰写，各为正统，一律平等对待，“议者遂息”。

　　三史于至正三年（1343）四月开始修撰，至正四年三月完成《辽史》，脱脱命掾史仪礼鼓吹导从，自史馆进至宣文阁，甚为隆重。四年十一月《金史》成，五年十月《宋史》成。三史总共只用了两年半时间，除因有前朝修史基础外，主要是因为脱脱这位都总裁官用人得当，措施有力。《金史》、《宋史》完成之时，脱脱已辞去相位，故以中书右丞相阿鲁图、中书左丞相别儿怯不花为“领三史事”。

　　复相后的开河变钞脱脱第一次执政，推行更化政策凡三年又七个月，除因论证不足强行开大都金口河，造成沙泥壅塞、民舍被毁、丁夫死伤、劳而无功外，其他措举大体得当，朝政为之一新，汉儒们“知无不言，言无顾忌”（《元史·苏天爵传》），皇帝用功读书，注意节俭，颇有“励精图治之意”（《元史·脱脱传》），脱脱治国有方，“中外翕然称为贤相”。

　　至正四年五月，脱脱因病辞相。七年六月，马札儿台被右丞相别儿怯不花弹劾，帝命徙甘肃，脱脱力请同行以照料父亲，遂居甘州（今甘肃张掖）就养。十一月，马札儿台病死，脱脱回京师。八年，命脱脱为太傅，负责东宫事务。

　　脱脱辞相后，阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只先后任右丞相。这段时间有5 年多，妥欢贴睦尔虽仍有励精图治之志，也曾推出一些新政，但从整体来说，元朝政治腐败已不可挽救。加之天灾频仍，农民起义和少数民族起义此起彼伏，社会矛盾进一步激化。面对日益加深的社会危机，妥欢贴睦尔于至正九年（1349）闰七月命脱脱复为中书右丞相。

　　脱脱复相后，慨然以天下为己任，下决心治理这疮痍满目的社会。当时摆在脱脱面前的有几大棘手的难题：第一，河患引起的严重财政危机。

　　脱脱辞相后仅一个月，即至正四年夏五月，大雨二十余日，黄河暴溢，水平地深二丈许，北决白茅堤（今河南兰考东北）。六月，又北决金堤。沿河郡邑，如济宁路（治今山东巨野）、曹州（今山东菏泽）、大名路（治今河北大名南）、东平路（治今山东东平）等所属沿河州县均遭水患。元廷对之束手无策，以致水势不断北浸，到至正八年正月，河水又决，先是淹没济宁路诸地；继而“北侵安山，沦入运河，延袤济南、河间，将隳两漕司盐场，实妨国计”（《元史·贾鲁传》），大有掐断元王朝经济命脉之势。运河中断将危及大都粮食和生活必需品的供应；水浸河间、山东两盐运司所属盐场，将会使元廷财政收入急遽减少。本来已经空虚的国库面临着新的危机。

　　第二，河患加剧了社会动荡不安。

　　自从河患发生以来，河泛区的饥民和流民纷纷起来反抗，有的劫夺商旅，有的打击官府，所在有司无可奈何。全国各地不断爆发起义；至正四年七月，山东私盐贩郭火你赤起义，活动于鲁、晋、豫一带；六年六月，福建汀州连城县罗天麟、陈积万起义，湖南爆发吴天保领导的瑶民起义；七年十月，全国发生起义达二百余起；八年春，台州黄岩（今属浙江）盐贩方国珍起兵反元；同年三月，辽东锁火奴和辽阳兀颜鲁欢分别自称“大金子孙”，起兵反元；九年，冀宁（今山西太原）平遥等县有曹七七起义；十年，江西铅山、真州（今江苏仪征）、泰州（今属江苏）均有农民起义。

　　第三，统治集团内部矛盾尖锐。

　　脱脱去相后，以右丞相别儿怯不花为首的一派与脱脱父子有旧怨，别儿怯不花、左丞相太平、御史大夫韩嘉纳、右丞秃满迭儿等10 人，结为兄弟，曾弹劾马札儿台，使之远徙甘州。康里人哈麻与弟雪雪，因其母为宁宗的乳母，兄弟俩充宿卫士，为妥欢贴睦尔所宠幸。脱脱为相时，哈麻官任同知枢密院事，对脱脱百般趋附。脱脱去相后，遭到别儿怯不花等攻击，哈麻在妥欢贴睦尔处竭力为之辩护。至正九年，太平、韩嘉纳支持御史斡勒海寿列哈麻罪行劾奏，妥欢贴睦尔不得已夺哈麻、雪雪官职，而太平、韩嘉纳、斡勒海寿等均被贬官。未几，脱脱复为右丞相，为报答哈麻辩护之功，对太平等人进一步打击报复，使太平谪居陕西，别儿怯不花谪居般阳，韩嘉纳以赃罪杖流奴儿干致死，秃满迭儿出为四川右丞，途中被杀。脱脱重新召用哈府，从此埋下了杀身之祸。