至正十八年（1358）底，朱元璋的军队已东下衢州（今属浙江）、婺州（今浙江金华），逼近方国珍所据的庆元、温、台诸地。十二月，朱元璋遣蔡元刚至庆元招降方国珍。国珍招集其兄弟谋曰：“方今海内虽乱，而元运未终，然惟建业善用兵，威振远迩，恐吾兄弟不足与抗。不如姑示顺从，以观天下之势。”乃遣其子完为质子入侍，元璋知其无诚意，命完归去。（《明太祖实录》卷七、卷八）

　　至正十九年（1359）正月，方国珍遣使奉书于朱元璋，并献黄金50 斤、白银100 斤、金织文绮百端。其书略曰：国珍生长海滨，鱿盐负贩，无闻于时。向者因怨构诬，逃死无所，遂窜海岛。为众所推，连有三郡，非敢称乱，迫于自救而已。惟明公倡义濠梁，东渡江左，据有形胜，以制四方，奋扬威武，以安百姓。国珍响风慕义，欲归命之日久矣，道路壅遏，不能自通。今闻亲下婺城，抚安浙左，威德所被，人心晾从。不弃犷愚，猥加诲谕，开其昏朦，俾见天日，此国珍所素愿也。谨遣使奉书上陈恳款，或有指挥，愿效奔走。首言为定，明神实临。（《明太祖实录》卷七）

　　三月，方国珍遣郎中张本仁以温、台、庆元三郡献元璋，且以次子关为质，元璋命关返还。九月，元璋授国珍福建等处行中书省平章政事、国璋福建行中书省右丞、国瑛福建行中书省参政、国珉枢密分院佥院。并令国珍“奉龙凤为正朔”，以本部兵马城守，俟命征讨，国珍“欲不受，业已降；欲受，又恐受制”（《明太祖实录》卷七），真可谓“心持两端，觇伺成败”，因而提出借口，“不奉正朔”，“姑以至正为名”（《国初事迹》）。果然，这个诡诈多端的两面派在地主政客刘仁本、张本仁等人的怂恿下，接受朱元璋封职才一个月，就又接受了元朝封他的江浙行省平章政事的官职。并于至正二十年（1360）至二十三年，每年派出大批海船，运送张士诚的十余万石粮到大都（今北京）去，元顺帝大为赞赏，封国珍为江浙行省左丞相，赐爵衢国公。至正二十二年五月，方国珍曾遣使至山东察罕帖木儿处，并愿为之效劳，适察罕帖木儿被田丰、王士诚杀，察罕帖木儿养子扩廓帖木儿对国珍使臣“于礼特优”。

　　方国珍害怕朱元璋派军来攻，伪装“惶惧谢罪，以金宝饰鞍马献”（《明史·方国珍传》）。至正二十二年，朱元璋部苗帅蒋英叛乱，杀胡大海，持大海首级奔国珍，国珍不受，自台州奔福建。时方国璋守台，截击之，为蒋英所败，国璋被杀，朱元璋遣使吊祭。次年，温州人周宗道以平阳降元璋，方明善以兵争，元璋参军胡深击败之，进兵瑞安、温州。国珍恐，请岁输白银3 万两，俟元璋下杭州城后，即纳土归附。元璋遂命胡深班师。而国珍仍北通扩廓帖木儿，南交福建陈友定，企图形成犄角之势。

　　元廷对方国珍不断拉拢。至正二十五年（1365），以国珍为淮南行省左丞相。二十六年九月，以国珍为江浙行省左丞相，弟国瑛、国珉，侄明善并为江浙行省平章政事。未几，进太尉。至正二十七年（1367）四月，朱元璋的军队攻克湖州、杭州，进而围攻平江张士诚。“国珍拥兵坐视，屡假贡献觇胜败，为叛服计”。朱元璋见其反复，以书数其十二过曰：“当尔起事之初，元尚承平，天下谁敢称乱？惟尔倡兵海隅。元官皆世袭子弟，顾惜妻子，其军久不知战，故临阵而怯，尔得鸱张于海隅。及天下乱，尔遂陷三州之地，扼海道之冲，窃据山岛二十余年。朝送款于西，暮送款于北，此岂大丈夫所为，尔过一也。吾下婺时，四方强敌甚多，岂暇用兵海岛，与尔较短长。尔自怀惧，遣子纳降。吾以诚心待人，不逆尔诈，即遣还尔子。尔乃诡诈多端，不数年间，迭生兵隙，尔过二也。近者浙左会稽、浙右钱塘诸郡皆下，尔阴蓄异志，时遣人觇吾虚实，尔过三也。未有衅端，先起猜忌自怀反侧，尔过四也。易交而轻悔，尔过五也。扩廓贴木儿以曹操之奸，将乌合之兵，东奔西扰，顿师之粮；又为李思齐、张思道逐出潼关，三秦已失，中原徐、邳、宿郡为吾藩篱，大河为吾门户，吾舟师往还，如入无人之境。尔不能料中原事势，顾且泛海交好，声言击我。虚张声势以速怨尤，尔过六也。彼若仓卒有事，尔隔海滨，岂能应援，败亡由尔；彼若无事，交疏礼菁，则豪杰之怨，祸乱之生，由此始矣，尔过七也。尔兄弟无功于朝，无恩于下民，盗据海隅，以势要君，以私贿下，坐邀民爵，跋扈万状。今归于我，而又不能善保富贵，欲驱民于锋镝，尔过八也。尔兵数出，掠我并海之民。上帝好生，下民思治，乃违天虐民，尔过九也。尔若有大志，尽驱温、台、庆元之民，与我较胜负，此果决丈夫之志也。今不能此，徒遣数舟狗偷鼠窃，小举而兴大怨，尔过十也。吾遣兵入浙，下湖州，军旧馆，张氏将士尽皆降附，遂捣姑苏，对垒深沟，民安如故。尔乃诱我海上土豪作乱，近已平定，匿其首恶，此岂良谋，尔过十一也。福建陈友定，奸诚待尔，反自疑贰，辄以诈罔，所谓首言为定者何在？尔过十二也。”（《明太祖实录》卷二三）

　　是年七月，朱元璋责令方国珍贡粮23 万石，同时又致函以威胁。方国珍惶惶不已，日夜运珍宝，集海船，准备下海逃跑。九月，朱元璋军攻克平江，消灭张士诚割据势力后，遣军分两路进攻方国珍。参政朱亮祖一路攻台州，方国瑛败逃黄岩，朱亮祖又攻温州，方明善逃走，亮祖分兵取瑞安，自率舟师败方明善于乐清之盘屿，追至楚门海口。征南将军汤和一路先取余姚、上虞，进攻庆元，方国瑛逃入海中，汤和率师追击，克定海、慈溪等县。十一月，朱元璋再命廖永忠为征南副将军率舟师入海，与汤和合击方国珍，国珍见其诸将皆降，黔驴技穷，不得不纳款投降，这股割据势力终于被平定。元璋军得其步卒9200 人，水军14300 人，官吏650 人，马190 匹，海舟420艘，粮151900 石。