嘉靖二年十一月，桂萼上疏请正大礼，疏中强调指出，宋人范纯仁已把预养为嗣的英宗和入继之主作了区别，而当今皇帝入继帝位分明是入继之主，为什么要遵从为预养的宋英宗而制订的濮议之礼呢？桂萼还指出杨廷和所议“灭武宗十有六年之统，泯遗诏禅受之旨，而夺兴献帝不可夺之嫡宗，且使兴国太后处慈寿皇太后之间，礼莫之尽”①。世宗采纳了桂萼的意见，决心重议大礼。

　　① 《明经世文编》卷一八○，《请修复旧制以足国安民疏》。下引同。

　　② 《成安县志》卷三《赋役考》，明刊本。

　　① 《桂文襄公奏议》卷一《请正大礼疏》，康熙刻本。

　　桂萼等人上疏激烈地批评杨廷和的议礼方案，世宗又不断降敕诘责杨廷和，朝官中越来越多的人不再附从，杨廷和自知难以维持，于是辞职。杨廷和既去，赞成张璁、桂萼观点的人渐次增多，世宗决定召张、桂入京。内阁蒋冕、毛纪为了阻挡张、桂来京，采取以退为进的策略，主动提出在兴王尊号上略作让步，称世宗父母为“本生皇考恭穆献皇帝”和“本生圣母章圣皇太后”，但仍考孝宗母昭圣，并请下敕谕停召张璁和桂萼。桂萼、张璁在凤阳途中接到诏书，桂萼复上疏指出，问题的关键不在于皇不皇，惟在于考不考，请在尊号中去“本生”两字，名正言顺地追尊自己的父母。既至京师，桂萼又与张璁联名上疏，极论两考之非，指出两考是一种欺骗，实际上是剥夺皇帝尊奉父母的神圣权利。

　　桂萼、张璁初到京师，杨廷和党的势力尚盛，二人颇为孤立。刑部尚书赵鉴与给事中张翀等勾结，阴谋扑杀桂萼和张璁。世宗通过厂卫侦知其事，立即任命桂萼、张璁为翰林学士，两人又受到武定侯郭勋的保护。三年七月，由于礼部侍郎何孟春、翰林修撰杨慎等人的煽动和要挟，发生了群臣在左顺门哭谏争礼的事件，世宗杖责诸臣，同时罢免了毛纪、汪俊、何孟春等人的职务。世宗旋即任命赞议大礼的席书为礼部尚书，会同桂萼等齐集廷臣，议定兴王尊号，三年九月下诏改称孝宗为皇伯考，昭圣皇太后为皇伯母，追尊兴王为皇考恭穆献皇帝，母为圣母章圣皇太后。由于桂萼和张璁密切配合，奋力抗争，他们的议礼主张得以实现，桂萼等终于通过议礼击败杨廷和集团，在朝廷中确定了自己的政治地位。

　　嘉靖四年，桂萼升任詹事，仍兼翰林学士。由于内阁首辅费宏的裁抑，桂萼和张璁虽列名翰林，却不获参与经筵，不参与献皇帝实录的修纂，不参与教习庶吉士等。费宏去职后，情况才有改变。六年三月桂萼升任礼部右侍郎，是年杨廷和余党借李福达案倾陷赞议大礼的武定侯郭勋，而欲牵连加罪于桂萼诸臣。世宗痛恶旧党借事罗织，尽换三法司诸官，以桂萼署刑部，张璁署都察院，方献夫署大理寺，重审李福达案。会搜查御史马录私书，内阁贾咏及都御史张仲贤、工部侍郎闵楷、御史张英、大理寺寺丞汪渊等密谋陷害大礼诸臣的私书被发现。贾咏引罪致仕，其他人则纷纷下狱候审。桂萼密承世宗风旨，认真审理此案，狱词颇详。该案最积极的策划者巡按山西监察御史马录承认犯了故入人罪，于是旧党利用李福达一案倾陷大礼诸臣的阴谋暴露无遗。桂萼等对该案进行判决，大略言李福达非白莲教，马录仇恨郭勋，构成冤狱，又列出了原来审理此案及与该案有关诸臣的罪过。世宗悉从桂萼所言，将该案编成《钦明大狱录》颁示天下。①李福达获得释放，马录等论戍，其因此案逮系廷杖、戍边、削籍诸臣凡四十余人。桂萼等以平反有功，受到嘉奖。是年京察，旧党犹借拾遗之例攻击桂萼，桂萼疏请斥逐杨廷和在言路的私党，实行科道互纠，世宗下令速举。于是京察和互纠罢黜科道十三人。是年旧党经过两次重大打击，一蹶不振。桂萼、张璁的政治地位日益巩固，赞议大礼的方献夫、霍韬、胡世宁、李承勋等渐居要职，① 穆宗即位，御史庞尚鹏据四川蔡伯贯一案，奏称李福达实为白莲教魁首，请为马录、颜颐寿等平反，《明史》采其说，称“由是福达狱始明”（《明史·马录传》）。然而同时代的郭子章怀疑庞论（《国榷·嘉靖六年》）。支大纶亦不赞成庞论（《世穆两朝编年史》）。高拱、张居正坚持认为桂萼的判案是正确的，修穆宗实录时，居正削去洗雪大狱的诏书和庞尚鹏疏。按高拱持之最力，居正逐高拱，仍在实录中保留高拱的奏疏（《穆宗实录》、《万历野获编》卷十八）。

　　朝局人事焕然一新。

　　嘉靖六年九月桂萼改吏部左侍郎，旋升礼部尚书兼翰林学士，明代尚书兼学士自桂萼始。任礼部甫逾月，迁吏部尚书，获赐银章两枚，文曰“忠诚静慎”、“绳愆匡违”，和内阁辅臣一样，桂萼获得了密疏言事的特殊权利。七年正月，加太子太保。《明伦大典》书成，加少保兼太子太傅。八年二月，以本官兼武英殿大学士，入阁预机务。

　　创立一条鞭法桂萼执政后，发舒多年以来的政治抱负，革除现实社会中的不合理现象，积极主张均平赋役和清丈土地。桂萼久任地方，熟知下情，他悉心研究基层政权下的赋役之法，看到了业已推行的均徭法和十段册法的局限性。均徭法中的户等划分标准很不一致，户等一样，而实际丁产可能相去甚远；户等一样就要承担同等的差役。均徭法行之不久，它的弊病就暴露出来了。再说十段册法，实施其法必须对各户丁粮作彻底清理，在此基础上均分十段，乃能奏效。然而此地十段和彼地十段的丁产仍很难一致，徭役的负担仍不均平。桂萼根据自己的经验，向朝廷提出了最新的赋役改革意见。嘉靖九年（1530）十月，桂萼进呈《任民考》疏，提出取消照黄册派定年份轮役的老办法，改以一省之丁粮供一省之役。时户部尚书梁材根据桂萼的建议，规定了新的赋役征法：“合将十甲丁粮总于一里，各里丁粮总于一州一县，各州县丁粮总于一府，各府丁粮总于一布政司。而布政司通将一省丁粮均派一省徭役，内量除优免之数，每粮一石编银若干，每丁审银若干，斟酌繁简，通融科派，造定册籍，行令各府州县，永为遵行。”①根据桂萼的意见颁布的赋役征法奠定了“一条鞭法”的基本原则。桂萼在改革方面承续了赋和役合并以及化繁为简的趋势，把各种役目并为一项，按丁粮一次编定，俱于秋粮征收。桂萼的主张比同时代的十段册等改革完善得多彻底得多，他的改革方略是明代各类赋役改革的总结。