此后又继续修习在罗马学院未学完的神学。一年后，他奉命在果阿修道院教授拉丁文和希腊文。几个月后，又被派往交阯教书半年。1580 年7 月利玛窦在交阯晋升神甫，9 月调回果阿，继续攻读神学两年。

　　来华始末1579 年6 月，罗明坚抵澳门，专门学习中国语言，学习读写中国文字。

　　由于他年已三十六岁，记忆力不甚强，所以进步缓慢。在1580 年至1583 年间，他曾到广州及两广总督驻地肇庆活动，寻求到中国内地传教的机会。当罗明坚久居中国时，感到一个人过于孤单，中国话也说得不流畅，于是请求范礼安（ A.Vali-gnano）神甫从果阿调利玛窦来澳门做助手。1582 年4 月15 日利玛窦接到范礼安的调令，十一天后便与巴范济一道乘船赴澳门。海上风浪很大，利玛窦在船上重病一场，但终于在8 月7 日抵达澳门。他努力学习中文，了解中国的风土人情、国家制度和行政机构。1583 年夏，为修建教堂等事，利玛窦随罗明坚赴香山、广州，但事情没办成，不得不返回澳门。他们二人回澳门不久，肇庆知府王泮差人来告知，两广总督已同意他们在肇庆建堂久住。实际上，这是耶稣会神甫贿使督府官员进行疏通的结果。于是，两人筹措好路费，于1583 年9 月初离开澳门，9 月10 日到达肇庆。他们对王泮说，自己只是一个宗教团体的成员，走了三四年才到达中国，希望有一个住所和建一座敬神的小教堂，以度余年，并表示一定遵守法纪、自筹经费。王泮报请总督批准他们择地居住和修建教堂①。

　　罗明坚和利玛窦乘此机会抓紧时间督促施工，又经过几番波折，于1585年建成了当时在中国内地最早的一座天主教教堂。这两人除了监管和处理与建房有关的事务外，大部分时间用来研究中国语文，练习写作和了解中国人的风俗习惯。

　　教堂和居所建成后，总督和知府先后张贴告示，禁止任何人在此扰乱。知府王泮还赠予两块匾额：“仙花寺”与“西来净土”。在王泮影响下，肇庆府的其他官员也争相与两位神甫交往。但当地士绅百姓与他们还是有隔阂的，称他们为“番僧”，还不时发生一些矛盾和冲突，有些人甚至对他们的房屋扔石头。为了避免当地百姓的敌对情绪，他们穿起中国式的大褂长袍，以使自己的形象易于为人们所接受，他们还决定暂时不谈宗教，并用高酬聘请当地有名望的学者介绍中国情况，讲解经书，以便与中国知识分子有更多的共同语言。又用西方科学技术、新奇的西洋方物等吸引中国人，博取当地民众的好感。为了扩大影响，他们又做了以下四件事：一是把肇庆教会图书室公开，让民众参观。

　　二是利用刻印世界地图宣传天主教。

　　三是展览各种天文仪器，作为笼络人心的手段，还把自制的天文仪器赠送给当地官员。

　　四是刻印有关天主教知识的书籍，如《天主十诫》、《天主圣教实录》① 何高济等译：《利玛窦中国札记》上册，中华书局1983 年版，第157—161 页。等，赠送给前来参观的客人，向人们宣传天主教教义。

　　来“仙花寺”参观的中国学者，最注意的是挂在大厅里的一幅地图。这一地图与我国已有的《华夷图》等完全不同，特别是没有把中国画在世界的中央，而且在中国以外另有许多大国。人们请利玛窦解释世界的情形，于是他指着地图，述说自己在何处出生，由何处动身前来中国，中途经过哪些国家。大家听了都惊讶不已，没想到世界如此之大，有这么多的国家，闻所未闻，大开眼界。一些渴求知识的人便要求利玛窦把地图上的外文译成中文出版。知府王泮看了这张地图后，也吩咐利玛窦把图刻印出版。利玛窦与中国朋友一道，绘制了一幅比原图更大的地图，名为《山海舆地全图》，图上注有中文说明。后来王泮升任岭南道，当他收到利玛窦送去的《山海舆地全图》时，叹为古今奇观，立即分送远近朋友。利玛窦在肇庆还制造自鸣钟，把它送给王泮等官员。这样，利玛窦在肇庆有了朋友，有了保护他的中国官员，有了立足点。

　　1588 年，罗明坚回澳门，利玛窦独自留在肇庆。

　　1589 年8 月3 日，新任两广总督刘继文欲强夺仙花寺，限利玛窦三日内离肇庆去澳门。后刘继文又因担心强夺番僧寺院会引来弹劾，故又把利玛窦召回，并答应利玛窦去南雄的请求。1589 年8 月15 日利玛窦乘船先至韶州南华寺暂住，同行者有麦安东。

　　在韶州，利玛窦等受到了友好的接待，韶州同知吕良佐还答应他们可在当地光孝寺旁的一块空地上修建天主教堂。1590 年秋，教堂建成，利玛窦在这里安顿下来，一时未再提起去南雄之事。这是利玛窦在中国传教的第二个立足点。

　　万历十九年（1591）正月初一，利玛窦正式接纳钟鸣仁、黄明沙两名青年加入耶稣会，他们成为中国第一批耶稣会士。

　　在韶州利玛窦招收的第一个学生是瞿汝夔。瞿汝夔，字太素，生于1549年，为礼部尚书瞿景淳之子，江苏常熟人。幼读群书，但无意仕进。父亲去世后，携妻周游各地，访学炼丹术。1589 年秋，他在肇庆见过利玛窦。当他得知利玛窦定居韶州时，即从南雄赶来，拜利玛窦为师，学习天文、算术。利玛窦以克拉维斯的著作为教材，先教给他欧洲的实用算术，后教星盘原理，最后教欧几里得几何学。瞿学习两年，译有《几何原本》第一卷，还学会制造地球仪、星盘、象限仪、罗盘、日晷等。这些仪器有木制的、铜制的，还有银制的①。