在北京，利玛窦最初住在宫门附近，后又住钦天监，随时候命进宫修理自鸣钟及洋琴。后来因礼部干预，又搬到四夷馆，行动颇受限制，难以留京久住。但由于神宗很喜欢自鸣钟，且担心利玛窦离开北京后无人修理，故礼部侍郎朱国祚三次上疏要求遣送利玛窦出京的奏折，均未批复。后又在吏部给事中曹于汴的帮助下，礼部准许利玛窦搬出四夷馆，租房居住。利玛窦迁出后的第一件大事就是上疏皇帝，请求批准他在北京或其他地方居住。不久，太监传下皇帝口谕，允许他们住在京城里。

　　定居北京后，利玛窦结交了许多皇亲国戚、高官显宦，而在学术上交往较多的则有著名学者冯应京、李之藻和徐光启等。定居北京六年，利玛窦不敢建造天主教堂，避免引起疑忌。他只租用平房，开展传教活动，并吸收信徒入教。万历三十三年（1605）八月间，才在顺承门（今宣武门）附近购得一所大宅，修建礼拜堂，作为北京会所。从此，天主教在中国开始站住了脚，打开了局面。

　　1610 年5 月3 日，利玛窦一病不起，于5 月11 日病逝。神宗批准礼部奏请赐地，将利玛窦安葬在北京阜城门外（今二里沟）的一处由寺院改建的墓园。

　　对中西文化交流的贡献西方传教士来华传教的根本目的，不仅是传播宗教，而且是为殖民者收集中国内地情报，为其侵略扩张政策服务。教士们的活动受到殖民者的操纵控制，其活动经费则由殖民者资助。利玛窦也不例外。利玛窦为了要达到在中国长久居留获准传教的目的，费尽了心机，从澳门到北京，他花了十八个年头，走了一段艰苦的历程。他从实践中摸索出了一条打开中国大门的路子，归纳起来主要有下列手段：一是学习中国语言文字，掌握基本的交往工具。经过多年努力，利玛窦不仅能说一口流利的汉语，而且能用中文撰写文章和著作。

　　二是深入了解中国的民情风俗，并尽量按中国的风俗习惯活动。最初，利玛窦以为和尚是中国人所崇拜的，所以他削发为僧，披袈裟。结果和尚装束不但不受人尊重，反而招来了麻烦。他及时吸取教训，改成儒者装扮，头戴方巾，身穿儒服，自称道人，行秀才礼。这一招符合中国国情，尤其适合士大夫的口味，受到中国人的尊重。

　　三是走上层路线，竭力拉拢和投靠上层统治者直至皇帝。他摸准了中国高级官僚的脾气，“一旦发现外国货质量更好，就喜欢外来的东西更甚于自己的东西”。①因此，每到一地，故意赠送或展览陈列当时中国没有或者比中国质量更好的西洋物品，打动那些贪财官吏及皇帝的心，从而在中国统治阶级内部找到保护人，站稳脚跟。

　　四是利用传播西方科学技术这个手段，笼络中国知识阶层。

　　当时中国一些较有远见的知识分子，为了富国强兵，渴望学到先进的科学技术。他们认为，“苟利于国，远近何论焉？”②在交往过程中，这些知识分子成了利玛窦的好友、学生或信徒，成了利玛窦在中国传教的柱石。

　　当然，利玛窦在传教过程中，也产生了一种客观效果，促成了中西科学文化的交流，他本人也为中西科学文化交流作出了以下几个方面的贡献：1.数学。最先从利玛窦学数学的是瞿太素。在学习过程中，瞿太素或用中国古代算经上的术语，或用自己新创的算术术语，将学到的数学知识译成通顺流畅的汉文，交朋友传阅。一年后，他译完《几何原本》第一册，但没有刊刻。万历三十四年（1606），利玛窦在北京与徐光启合译《几何原本》前六卷，至万历三十五年译完刻印。这是利玛窦首次把古希腊数学名著欧几里得《几何原本》较系统地介绍到中国来，《几何原本》中那种严格的定义，完整的结构，前后一贯的演绎法，不依赖于数例的纯几何证明，作图可行性的要求等等，都是中国传统几何学所没有或者说相对缺少的。从具体内容上说，《几何原本》也出现了许多对中国学者来说是新鲜的课题。比如三角形性质、两个三角形的全等，角、平行线，与圆有关的性质，一般三角形的相似，黄金分割等等，都是中国传统几何学所没有的。因此，《几何原本》前六卷的翻译，被当时中国人视为一桩大奇事，人们从未见过这样论证严密的书。这次翻译用的《几何原本》底本是利玛窦的老师克拉维斯的注释本，是利氏学过的课本，由拉丁文译成中文。①同年，两人合编《测量法义》，全书设十五个题目，说明测量高、深、广、远的方法。

　　在北京与利玛窦合作并听他讲授科学课程的学者还有李之藻。当利玛窦给他讲地球为圆形，有两极，天则有十天，太阳和星辰都大于地球时，他非常相信。万历四十一年（1613），利玛窦与李之藻合译《同文算指》，介绍① 何兆武、何高济：《利玛窦的〈中国札记〉》，载《中国史研究动态》1982 年6 期。② 徐光启：《辨学章疏》，《徐光启集》卷九，中华书局1963 年版。

　　① 王重民：《徐光启》，上海人民出版社1981 年版，第34 页。

　　了西方的笔算法等，次年刊行。万历四十二年（1614），李之藻又刻印了《乾坤体义》，书中收有利玛窦的著作，也有李之藻的著作。书分上、下两册，共三卷。

　　2.天文学。1584 年前后，利玛窦到肇庆不久，即展览并制作各种天文仪器，如天球仪、日晷和地球仪等。其目的一方面吸引当地人参观，一方面用礼品作为笼络手段，分赠当地官员。这些仪器是用铜和铁制的，对各层天作了说明，把地球表面的原来形状表示出来。又在铜板上描出或雕刻各种日晷，分赠与教会友好的官员。还向当地士大夫讲解基督教推算日历的方法。1595年利玛窦到南京后，除了继续制造上述各种天文仪器外，还制造了象限仪、纪限仪，并给观众讲解如何使用。