这次战争，分为平定达瓦齐和平定阿睦尔撒纳叛乱两个阶段。乾隆二十年春，乾隆帝调动大军，分北、西两路进军西北。由于达瓦齐政权已不得人心，清军“兵行数千里，无一抗者”②，不过三个来月，便攻下西北重镇伊犁，将达瓦齐擒获。清政府此次出师取得了重大的胜利。

　　然而，正当清政府处理善后事宜的时候，一度投降清政府的阿睦尔撒纳为了实现自己作“四部总台吉，专制西域”的野心③，竟置国家与民族利益于不顾，于乾隆二十年九月，又悍然发动了大规模的武装叛乱。由于此时大部分清军已经撤走，除少数据点外，北疆大部分地区又很快沦陷。在阿睦尔撒纳的煽动下，喀尔喀蒙古的个别上层贵族如青滚杂布等也揭起叛旗，武装反清。乾隆帝不能坐视叛乱继续蔓延和扩大，便于乾隆二十二年（1757）再度出兵西北。在清军的打击下，阿睦尔撒纳政权土崩瓦解，阿睦尔撒纳被迫逃亡俄罗斯，此后不久患痘死去。西北地区重新处于清朝中央政权的控制之下。乾隆帝平定准部上层贵族叛乱的军事行动无疑对于维护国家统一有着重大的积极意义。但是，这次战争毕竟是封建统治者进行的统一战争，在战争中，清军对当地人民的屠杀非常残酷，致使战后当地人口锐减，社会经济也受到很大的破坏。

　　在准部上层贵族的叛乱被平定下去之后，从乾隆二十二年到二十四年，① 《清高宗实录》卷489。

　　② 《啸亭杂录》卷3《西域用兵始末》。

　　③ 《圣武记》卷4《乾隆荡平准部记》。

　　乾隆又进行了平定天山南路维吾尔族宗教首领大小和卓木武装叛乱的军事活动。

　　维吾尔族是世居我国新疆地区天山南路的一个少数民族。清初，准部贵族称雄西北，维吾尔族广大人民和其他西北各部一样处于准部贵族的统治之下。广大维吾尔族人民要向准部贵族交纳为数甚巨的各种贡赋，他们的宗教首领阿布都什特、玛罕木特及其二子波罗尼特、霍集占兄弟，还相继被噶尔丹、策妄阿拉布坦、噶尔丹策零等长期拘禁于伊犁。阿睦尔撒纳发动叛乱期间，为了争取维吾尔族贵族的支持，对其政策有所改变。他释放波罗尼特返回维吾尔族本部，还诱使留居伊犁的霍集占率领准噶尔本部的回教徒也参加了叛乱。清政府平定阿睦尔撒纳武装叛乱的胜利，使广大维吾尔族人民最终摆脱了准部贵族的统治和压迫，在乾隆帝派遣使者商讨和平统一南疆的问题时，包括波罗尼特在内的许多维吾尔族有识之士都表示：“安集回地各城人民，听候大皇帝谕旨。”①这反映了广大维吾尔族人民的共同愿望。然而，刚从伊犁逃归的霍集占却妄图借此实现其割据的野心，在他的唆使下，前来商议和平统一事宜的清朝使臣被杀害，南疆形势急转直下，一场新的武装叛乱又爆发了。

　　乾隆二十三年（1758）乾隆帝派遣靖逆将军雅尔哈善等率满汉官军，由吐鲁番进攻维吾尔部北方门户库车，并在大败霍集占援军之后攻克该城。不久，又派遣战功卓著的将军兆惠率军挺进南疆，攻打叛军的主要据点叶尔羌城。乾隆二十四年春，定边右副将军富德又率军南下，清军遂分两路进攻叛军据点叶尔羌、喀尔喀什两城，在清军的强大攻势下，霍集占兄弟率领残部突围而出，西逃至巴达克山，被当地首领擒杀。大小和卓木掀起的武装叛乱最后被平定下去。

　　准噶尔部和维吾尔部叛乱的平定，使得清朝政府直接控制的领土极大地得到扩展。为了加强对这些地区的管理，乾隆二十七年，清政府于惠远城设伊犁将军，作为“总统新疆南北两路事务”的最高军政长官。在伊犁将军之下，在乌鲁木齐设都统，统辖乌鲁木齐、古城、巴里坤及吐鲁番等地驻军，在塔尔巴哈台设参赞大臣，统辖塔城的驻军，在南疆喀尔喀什、叶尔羌、英吉沙尔、和阗、乌什、阿克苏、库车、辟展等城设“办事大臣”或“领队大臣”，对当地实行军事统治。这些措施，进一步加强了中央政府对新疆地区的管理，对维护国家统一和领土完整发挥了重要的作用。

　　清政府平定准部上层贵族武装叛乱的胜利，解除了长期以来准部上层贵族对相邻各部的压迫。作为这一事件的一个直接后果，是乾隆三十六年发生的土尔扈特部的重返祖国。土尔扈特部是我国厄鲁特蒙古四部之一，十七世纪二十年代以前，该部一直与其他三部共居于我国的西北地区。明朝崇祯初年，该部因无法忍受准噶尔部的压迫而在首领和鄂尔勒克的率领下离开故地，几经辗转之后，迁居于伏尔加河下游一带。在旅居国外一个多世纪的漫长岁月里，土尔扈特人饱受沙俄的压迫和欺凌。他们虽然身处异域，却无时无刻不在思念自己的祖国，不顾山险路长，一直与中央政府保持着密切的联系。而清政府也对远在异域的土尔扈特人表示关切。清军平定准部上层贵族的武装叛乱不久，即乾隆三十五年十一月，土尔扈特部渥巴锡汗便率领部民十七万口，不顾沙俄的重重阻挠，毅然踏上归途。经过八个月的长途跋涉，① 《回疆通志》卷12，民国十四年刊本。

　　克服了给养缺乏、疾病流行等难以想象的困难，终于在乾隆三十六年六月进入中国境内，从而实现了他们长期以来要求返回祖国的愿望。

　　乾隆帝对土尔扈特部的归来十分重视。专派陕西巡抚文绶前赴巴里坤等地，购办牛羊、衣物，接济他们的生活。不久，又指令伊犁将军舒赫德负责“分地安居，使就米谷而资耕牧”。张家口都统常青负责解送当地牧群“驱往供馈”；陕甘总督吴达善负责“发帑运茶，市羊及裘”①。在安排好他们的生活之后，乾隆帝又在热河避暑山庄附近接见渥巴锡等土尔扈特部首领，分别赐封为卓哩克图汗、亲王、郡王、贝勒、贝子、辅国公、台吉等，使其“管理所属，咸务生理，延及子孙，永荷安全之福”①。这是一件盛大的喜事，乾隆帝欣然命笔，亲撰《土尔扈特全部归顺记》、《优恤土尔扈特部众记》、《御制土尔扈特部纪略》等重要文章，记载土尔扈特部归回祖国的艰难历程。土尔扈特部重返祖国是乾隆帝经营西北边疆所取得的一项重要成就，这在当时及以后都有着深远的历史意义。