加强对西藏地区的管辖，也是乾隆帝在位期间巩固西南边疆的一项重大政治实践活动。入关之初，以达赖喇嘛为首的西藏地方政府即已归服清朝中央政府的统治。康、雍时期，清朝政府先后平定准部贵族策妄阿拉布坦对西藏的侵犯，委任西藏地方政府，设立驻藏大臣等，加强对西藏地区的管辖。在康、雍两朝的基础上，乾隆帝又通过出兵平定西藏叛乱，抗击廓尔喀入侵，对其政治、宗教等方面的旧有制度进行改革，而使清朝中央政府对西藏的控制进一步得到了巩固。

　　乾隆十五年（1750），西藏发生了以郡王珠尔墨特那木札勒为首的地方贵族割据势力的武装叛乱。在叛乱中，珠尔墨特那木札勒被驻藏大臣处死，但是两位驻藏大臣傅清、拉布敦也同时遇害。以达赖喇嘛为首的广大僧俗和入藏清兵联合作战，这次叛乱很快即被镇压下去。然而，这次叛乱却表明：让西藏个别贵族拥有过大的权势，很不利于西藏政局的安定和中央政府对西藏的统治。乾隆意识到这一点，便于乾隆十六年，在平叛斗争胜利后，立即废除了旧有的藏王制度，并成立了由四名噶隆组成的西藏地方政府噶厦。不久，又制定《西藏善后章程》，提高了达赖喇嘛和驻藏大臣的权力，还决定在西藏长期驻军一千五百名，这就从政治上和军事上都加强了中央政府对西藏地区的管理。

　　中央政府对西藏地区的管理虽然有所加强，但由于西藏统治集团内部矛盾错综复杂，西藏政局仍不平静。至乾隆五十二年和五十六年，又先后两次遭到廓尔喀的入侵。尤其是后一次，廓尔喀侵略军在西藏上层贵族沙玛尔巴的勾引下，竟深入到西藏内地日喀则一带地方烧杀抢掠，给广大藏族人民带来了极大的灾难。乾隆帝即派遣大将军福康安率军入藏，将侵略军全部驱逐出境。次年，即乾隆五十七年（1792），经乾隆帝批准的《钦定西藏章程》颁布实施，对西藏地区的政治、宗教、军事和外交进行了全面的整顿和改革。在政治事务上，该章程规定，驻藏大臣在处理藏内事务方面与达赖、班禅的地位平等，拥有监督管理和任免西藏各级官员的极其广泛的权力。在宗教事务上，对以往达赖、班禅和各地活佛圆寂后，由巫师作法指定这一弊端百出的“呼毕勒罕制度”加以改革，改行在驻藏大臣的监视下，以金瓶（金奔巴）① 《东华续录》乾隆七十四，乾隆三十六年九月乙巳。

　　① 《东华续录》乾隆七十四，乾隆三十六年九月辛亥。

　　掣签的办法。并还规定呼毕勒罕的“坐床”典礼，必须在驻藏大臣的主持下进行。在军事上，为了加强西南地区的边防，《章程》规定建立西藏地方常备军，额数三千，分驻于各重要地区，由驻藏大臣统辖。在外交事务上，规定由驻藏大臣主持对外交涉，禁止噶隆以下的地方官员和外国私下联系。所有这些，都进一步加强了清朝中央政府对西藏地区的管辖，同时也限制了地方割据势力的发展，有助于西南边防的巩固和西藏地区政局的安定。

　　在西南地区，乾隆帝继续执行雍正朝以来改土归流的政策。他的主要活动，是在乾隆十二年至十四年及乾隆三十六年至乾隆四十一年两次平定大、小金川土司的武装反抗。

　　大、小金川两土司位于四川西北大渡河的上游，是我国藏族人民的聚居地之一。清初，两金川土司头目先后接受清朝的统治，而清朝也对他们传统的世袭统治制度予以承认。乾隆初年，大金川日益强盛，该土司头目莎罗奔不断侵扰相邻各部，兴兵攻打小金川，劫持了土司泽旺及其印信。不久，又出兵攻掠革布什札、明正两土司。为了惩治大金川对邻部的侵犯，乾隆十二年，乾隆帝调动三万大军，分两路进攻大金川。然而，由于当地山势险峻、气候恶劣和将领指挥失宜及间谍混入等许多原因，直到乾隆十三年夏秋，清军仍然没有取得什么进展。乾隆帝势同骑虎，又增兵、增饷，特派大学士傅恒前往该地指挥作战。傅恒至军后，采取了岳锺琪选锐深入的作战方略。乾隆十四年二月，清军进逼莎罗奔老巢勒乌围，莎罗奔被迫乞降。

　　但是，各土司之间的武装冲突仍然经常发生。为制止各土司之间的武装冲突，乾隆三十一年，四川总督阿尔泰采取了使大、小金川和各土司之间相互联姻的措施。这一措施暂时制止了各土司之间的相互攻掠，但却为大、小金川及相邻土司的联合反清准备了条件。乾隆三十六年，大、小金川土司索诺木、僧格桑分别攻掠附近土司，乾隆帝决定再度出兵。清军取各个击破之策，先尽全力攻打小金川。乾隆三十七年底，攻克其主要巢穴美诺，僧格桑逃往大金川。乾隆三十八年春，清军转向进攻大金川。指挥作战的温福腐朽无能，是年夏天，在索诺木的反攻下，清军遭到严重失败，连同前已攻克的小金川也一并丧失。乾隆帝又任命阿桂为定西将军，调集军队，重新组织进攻。是年冬，再克小金川，而后，又师出三路，进攻大金川。经过两年的战斗，至乾隆四十年底，始将大金川最后平定。这时，乾隆帝决心彻底推行改土归流的政策，在小金川旧地设美诺厅（后改名懋功厅），在大金川旧地设阿尔古厅，皆隶属于四川省，还分别在其险要地区设兵镇守，从此，这一地区最终结束了混乱相争的局面。

　　乾隆帝平定边疆地区少数民族上层分子的叛乱，维护了国家的统一。乾隆三十一年到三十四年，乾隆五十三年到五十四年，乾隆帝还曾先后对缅甸和安南两国用兵。就战争性质而言，这两次用兵，都是不正义的战争，给中国和缅甸、安南的人民带来了灾难。