编修《永清县志》期间，章学诚在科举考场时来运转。乾隆四十二年秋，应顺天府乡试中举，次年中进士。但他自认迂疏，不具备做官的素质，始终未敢入仕。这样，《永清县志》成书之后，他仍然过着漂泊客游的生活，几年内穷愁潦倒、十分困苦。乾隆四十六年赴河南谋事不成，归途遇盗，行李及所存著述被抢劫一空。后来借朋友录存的别本重抄，但终不能复其全貌，其中《校雠通义》佚失第四卷，尤为可惜。出于生计，章学诚先后在肥乡（今河北省肥乡县）清漳书院、永平县（今河北卢龙）敬胜书院、保定（今河北保定）莲池书院主讲。在清漳书院，他向学生提出关于学习志向的策问：“举业将以应科目也，假使诸生亦已登进士第，无所事举业矣，遂将束书而不观耶？抑将尚有不能自已者耶？”他指出：“学亦不当专为举业。”①这表明章学诚自己虽然很热衷于科举功名，但仍将学术研究作为矢志不移的抱负。在敬胜书院主讲期间，全家迁至永平，此后其家口常随其谋业地点的变更而流徙不定。乾隆四十八年，他客寓北京，身患重病，幸亏同乡邵晋涵将他接至家中，延医治疗，得以不死。邵晋涵是一位著名学者，自十几年前与章学诚相识后，两人意气相投，这次病中，常与论学，每至深夜。两人皆有意重修《宋史》，章学诚明确提出要将“以班马之业而明程朱之道”作为立言宗旨②。此年，他的著述中一个值得注意的特点，就是较为深入地从哲理上探讨学术源流和治学风格问题，写出了《言公》、《诗教》、《与朱沧湄中翰论学书》等重要论著。

　　乾隆五十二年冬，章学诚谒见河南巡抚毕沅，受到厚遇，次年初即开局编辑《史籍考》，由章学诚主持其事。编辑此书是章学诚的一大学术志愿，目的是全面整理、总结历代史籍。但此举规模宏大，非一人所能胜任。此时依傍毕沅，人力、物力皆为充备，著名学者如洪亮吉、孙星衍、武亿等人均被邀请参与。除主持编辑《史籍考》外，章学诚还被安置于归德府（府治在今河南商丘市）文正书院主讲，他乘暇重新修订了《校雠通义》一书。经过这次精心更定，集中地表达了章学诚的目录学思想③。

　　在《校雠通义》中，章学诚将其目录学理论高度概括为“辨章学术，考镜源流”。“辨章学术”就是要指明群书大旨，辨清图书所属的学术体系及各自的特点，“求能推阐大义，条别学术异同”；“考镜源流”则要求明了① 《章氏遗书》卷9《又与永清论文》。

　　① 《章氏遗书》卷22《清漳书院会课策问》。

　　② 《章氏遗书》卷9《家书五》。

　　③ 章学诚反对“目录学”的称谓，自言其学为“校雠学”，参见《章氏遗书》外编卷一《信摭》等著述。各门学术发生发展的来龙去脉，“使人由委溯源，以想见坟籍之初者”①。他反对将图书的著录搞成徒为甲乙部次的登记簿，主张在“辨章学术，考镜源流”的基础上“部次流别，申明大道，叙列九流百氏之学，使之绳贯珠联，无少缺逸，欲人即类求书，因书究学”②，并且考察古今载籍的“得失之故”。这实际上是将目录学提高到学术史研究的水平。章学诚对学术渊源作了深入的论述，明确提出：“后世文字，必溯源于六艺。六艺非孔氏之书，乃周官之旧典也。”③此外还具体地分析了各家著述、各类典籍的源流，总结历代著录之书的得失，阐述了图书分类的方法，提出了“互著”与“别裁”等建议。“互著”就是将具备两种以上中心内容的书籍，分别在各类里互为著录，不避重复；“别裁”是一书中个别篇章另属其他学科的，要“裁篇别出”，著录于有关部类。这种建议完全是从考察学术源流的需要出发的，在编辑《史籍考》中他就力主采取这种方法。

　　章学诚编辑《史籍考》及其在目录学上的研究，一方面扩大了他的知识面，使之对图书文献情况有一个全面了解，另一方面形成了一套条分类析、溯流探源的研究方法，从而推动了其史学创见的形成。乾隆五十三年《校雠通义》的修订与《史籍考》的编纂，标志着章学诚的学术思想开始进入成熟阶段，这种成熟首先是从目录学理论完成的。

　　由于毕沅赴任湖广总督，章学诚随即失去文正书院讲席，携家离开河南。从乾隆五十三年下半年到次年上半年，他辗转于安徽亳州（今亳县）、太平（今太平县）、安庆之间，虽一时困厄，但学术上进展很大。乾隆五十四年四月十一日至五月初八，近一个月之内著文二十余篇，从哲理上探索学术史、治学宗旨、治学途径和学风问题，将自己的主张予以理论性的论证和阐发，其中《原道》、《原学》、《经解》、《博约》、《史释》等篇，皆为《文史通义》中的精粹。

　　章学诚的哲学思想主要表现于对“道”、“器”关系的论述，他虽然有“道不离器，犹影不离形”①的说法，但只是主张“道器合一”②，而未能像王夫之那样明确指出“道”从属于“器”，也不像戴震那样径直地将“道”视为物质的元初状态，这说明他还没有完全摆脱理学唯心主义思想体系的束缚。但是，他将“先王之道”描述为随着社会组织与行政管理方式的发展而渐形渐著，并且哲理性地概括为“道因器而显”③。这个命题实际上已将“道”置于发展过程中的被动地位，从而使他在考察社会史、学术史时得出许多具体的唯物主义看法，从哲理上论证了古时官师不分、治教合一，“政教典章、人伦日用之外，更无别出著述之道”④的学术史观。“六经皆史”论便是这种观念的集中体现。章学诚指出：“六经皆先王之政典”⑤，“古之所谓经，乃① 《章氏遗书》卷10《校雠通义叙》。