二十二年六月，察罕帖木儿在田丰军营中被王士诚刺杀，诸将校惶惑不知所从，军中亦颇有异论。察罕帖木儿旧将、同佥白琐住遂倡言曰：“总兵奉朝廷命讨逆寇，总兵虽死，朝命不可中止，况令总制官王保保曾为总兵养子，朝廷又赐其名扩廓，若立以为主，总兵虽犹不死也。”（《庚申外史》）于是率先下拜，众亦皆拜，人心始定。元廷起用扩廓帖木儿，拜银青荣禄大夫、右尉、中书平章政事、知枢密院事、皇太子詹事，仍便宜行事，袭总其父兵。

　　扩廓帖木儿领兵柄后，率诸路军急攻益都，但城守益固，于是挖掘地道以入。十一月，破益都，城中红巾军首领二百余人被俘，取田丰、王士诚之心以祭其父，余众皆被诛杀。又遣关保取莒州，于是山东红巾军全部被镇压。当是时，东至于淄、沂、西逾关陕，已无起义农民，北方红巾军宋政权失去汴梁后，退守安丰（今安徽寿县），既无兵力，又失去号召力。扩廓帖木儿乃驻兵于汴、洛，朝廷倚之为安。

　　与孛罗帖木儿的权力之争战争暂时停息后，扩廓帖木儿与孛罗帖木儿之争立即激化。这场斗争既是拥兵自重的军阀之间的争斗，又是宫廷内部争权的一种反映。

　　扩廓与孛罗之争根源在察罕帖木儿与答失八都鲁。至正十七年（1357）

　　十二月，答失八都鲁忧愤而死后，其子孛罗帖木儿曾与察罕帖木儿争夺冀宁（今山西太原）等地，朝廷调解后双方各还本镇。二十二年六月，察罕帖木儿在山东被刺后，扩廓帖木儿总其兵。时孛罗帖木儿戍兵大同，屡次派兵争夺晋、冀地盘，并与陕西军阀张思道（又名良弼）相联结。张思道与李思齐在关陕为争夺地盘互相攻伐，思道在孛罗支持下，设伏兵于武功（今陕西武功），大败思齐。二十三年六月，孛罗乘扩廓战事方休，移兵汴、洛之机，南侵扩廓守地，遣其将竹贞袭据陕西。当时陕西行省右丞答失铁木儿与行台有矛盾。恐陕西为扩廓所有，遂与孛罗相结，引竹贞入奉元（今陕西西安），劫御史大夫完者帖木儿印，并予拘留。扩廓亦不示弱，遣部将貊高合李思齐兵攻之，竹贞战败投降。

　　扩廓帖木儿为集中力量对付孛罗帖木儿，采取纵横捭阖手段，与据有江淮、势力不断壮大的宋江南行省左丞相朱元璋主动修好。早在至正二十一年八月时，元璋就曾以都事汪河、钱祯去察罕帖木儿军中通好，察罕帖木儿亦以书报聘，元璋以前所遣使不返，未予回聘。扩廓帖木儿总领其兵后，于二十二年十二月派尹焕章送还使者，自海道南下献马。朱元璋东有平江（今江苏苏州）张士诚。西有武昌陈友谅的严重威胁，乃采取同样手段，于次年正月，遣汪河送尹焕章归汴，致书扩廓曰：“不意先王捐馆，阁下意气相期，遣送使者涉海而来，深有推结之意，加之厚贶，何慰如之。薄以文绮若干，用酬雅意。自今以往，信使继踵，商贾不绝，无有彼此，是所愿也。”（《明太祖实录》卷一二）这种相互利用的关系，于双方有利。一旦各自目的达到后，这种关系就会破裂，代之以兵戎相见。

　　宫廷内争与此同时，元廷内部的斗争也日益尖锐。御史大夫老的沙，哈剌鲁人，顺帝母舅，与宦官、顺帝后奇氏高丽同乡朴不花素不和，为奇皇后和皇太子所恶。顺帝将老的沙遣回。老的沙途经大同，留于孛罗帖木儿军中。而右丞相搠思监、朴不花与皇太子结成一帮，依靠扩廓帖木儿为外援。皇太子屡次向孛罗索要老的沙，孛罗不遣。二十四年三月，搠思监、朴不花诬称孛罗与老的沙图谋不轨，顺帝下诏削孛罗兵权、官职，令其归四川。孛罗拒不从命。朝廷下令命扩廓出兵讨孛罗。这时宗王不颜帖木儿等出面上书替孛罗说情，并与孛罗会师。顺帝怕事情闹大，急忙下诏，贬斥搠思监、朴不花，孛罗官复原职。

　　诏书虽下，搠思监、朴不花依然留居大都。这年四月，孛罗帖木儿以此为由，遣前知枢密事秃坚帖木儿率军进攻大都。秃坚帖木儿兵入居庸关，朝廷命知院也先、詹事不兰奚迎战，败归。皇太子见势不妙，率侍卫军出光熙门，东走古北口，趋兴（今河北承德西）、松（今辽宁赤峰西）。秃坚帖木儿兵至清河。当时京师空虚，城中大震，诸官吏士卒奉命分守各城门。顺帝命达达国师、蛮子院使去秃坚帖木儿军营问明原委。秃坚帖木儿声称必得搠思监、朴不花。二使反复劝解，不听。顺帝被迫交出搠、朴二人，孛罗杀之。秃坚帖木儿浩浩荡荡率军自健德门进入京师，顺帝赐宴慰勉，仍以孛罗帖木儿为太保、中书平章政事，兼知枢密院事，守御大同；命秃坚帖木儿为中书平章政事，退出京师。

　　是年五月，皇太子出奔至路儿岭，知孛罗、秃坚复职，愤怒不已。遂命扩廓帖木儿调动军队，分道进攻孛罗。扩廓乃命白琐住领兵3 万守御京师，以貊高、竹贞为中道领兵4 万，以关保为西道领兵5 万，合击孛罗于大同，扩廓则至太原，调督诸军。七月，孛罗与秃坚、老的沙以“清君侧”名义再次攻京师。前锋抵居庸关，皇太子统军迎于清河，丞相也速、詹事不兰奚屯军昌平，锁住军亦抵京师，然也速军士无斗志，琐住部将杨同佥在居庸关被孛罗军杀，不兰奚战败逃走。皇太子见势不妙，回到京师，胁迫东宫官僚随他出走，白琐住扈送皇太子由雄、霸、河间，直奔太原。孛罗军抵健德门外，本拟追袭皇太子，因老的沙阻止未去。孛罗等3 人进大都，顺帝于宣文阁接见，分别命孛罗为太保、中书左丞相，未几进右丞相，节制天下军马；老的沙为平章政事；秃坚帖木儿为御史大夫。八月，顺帝加封孛罗帖木儿开府仪同三司、上柱国、录军国重事、太保、中书右丞相，节制天下军马。孛罗主政后，杀倚纳（与顺帝共习“演揲儿”进行淫乱活动的人）秃鲁帖木儿、波迪、哇儿祃等，罢三宫不急造作，沙汰宦官，减省钱粮，禁西番僧人佛事，并多次遣使请皇太子还朝，使者被皇太子拘留于太原，拒不还朝。