二十五年三月，皇太子在扩廓帖木儿军中下令曰：“孛罗帖木儿袭据京师，余既受命总督天下诸军，恭行显罚，少保、中书平章政事扩廓帖木儿，躬勒将士，分道进兵，诸王、驸马及陕西平章政事李思齐等，各统军马，尚其奋义戮力，克期恢复。”（《元史·顺帝纪》）于是调岭北、甘肃、辽阳、陕西各地军队，共讨孛罗。孛罗闻之，乃将奇皇后幽禁于厚载门外诸色总管府中，遣秃坚帖木儿率军进攻上都附皇太子者，调也速南御扩廓。也先驻兵永平， 举师倒戈，遣人西联扩廓，东联辽阳，军声大振。也先袭孛罗将姚伯颜不花于通州虹桥，斩姚伯颜不花。孛罗大怒，自领大军出通州，遇大雨三日而还。

　　孛罗在京郁郁不乐，终日与老的沙饮宴，荒淫无度，酗酒杀人，喜怒无常。顺帝极为不满，密令威顺王宽彻普化子和尚寻找机会刺杀孛罗。和尚募得杀手6 人，于七月二十九日乘孛罗入宫时，杀死于延春阁李树下，老的沙逃奔孛罗家中，携其母、妻及子天宝奴北遁，与秃坚帖木儿会合。两人谋与赵王起兵，被赵王灌醉，缚送朝廷处死。

　　与各路军阀混战当顺帝在京密谋杀孛罗帖木儿之时，扩廓帖木儿派其将关保取太原。皇太子联络也先及魏、辽、齐、吴、豫、幽诸王准备进兵京师。孛罗被杀后，顺帝诏皇太子还京。原先皇太子投奔太原时，就想用唐肃宗在灵武称帝的故事自立，扩廓与不兰奚等不从。现在还京师，奇皇后传令扩廓以重兵拥皇太子入城，以胁迫顺帝让位。扩廓知其用意，兵至京师30 里处，即下令分散，不入京师。皇太子怨恨在心。

　　既入京，顺帝命老臣伯撒里为右丞相，扩廓为左丞相。居两月，扩廓请南还视师。闰十月，顺帝诏封扩廓为河南王，代皇太子亲征，总制关陕、晋冀、山东等处并迤南一应军马，诸王各爱马应该总兵、统兵、领兵等官，凡军民一切机务、钱粮、名爵、黜陟、予夺，悉听便宜行事。扩廓置分省官属，随之南下，其气派之盛大，几与朝廷相等。

　　二十六年二月，扩廓抵河南，欲守父墓以终丧，心腹幕僚孙翥、赵恒献策曰：“丞相受天子命，总天下兵，肃清江淮。兵法欲治人者先自治。今李思齐、脱列伯、孔兴、张思道四军，坐食关中，累年不调。丞相合调四军，南出武关，与大军并力渡淮，彼若前顽不受调，则移军征之。据有关中四军，惟丞相所使，不亦善乎！”（《庚申外史》）但各路军阀根本不服扩廓调遣：李思齐与察罕帖木儿同起义兵，为扩廓前辈，得调兵札后大怒曰：“乳臭儿，黄发犹未退，而反调我耶！我与尔父同乡里，尔父进酒，犹三拜我然后饮，汝于我前，无立地处，而今日公然称总兵调我耶！”张思道曾与孛罗结盟，也拒不受命；孔兴、脱列伯等皆以功自恃，各怀异见，要求别为一军，也不受调遣。四将各令本部曰：“一戈一甲，不可出武关，王保保来，则整兵杀之！”（《庚申外史》）他们共推李思齐为盟主。扩廓遣关保、虎林赤西攻张思道于鹿台，而思齐与思道合兵抗之。双方相持一年，前后百战，胜负未决。

　　北方军阀混战之际，正是朱元璋削平群雄、统一南方之时。至正二十四年元璋灭武昌陈理汉政权后，称吴王，建百官，拓地江北、淮东，并准备大举东灭张士诚。二十六年五月，扩廓军与诸军阀相持于关中，自率中军由怀庆（今河南沁阳）屯彰德（今河南安阳），彰德积粮草达10 万，顺帝颇疑扩廓有异志，因屡催扩廓发兵攻江淮。扩廓遣将攻徐州，元璋将徐达分兵击退之。时元璋正发兵征张士诚，必须避免与北方交兵，因而于七月又遣使致书扩廓，分析形势，陈述利害关系。扩廓面对关中诸军阀，不敢寻衅江淮，因而于十月遣其弟脱因帖木儿及貊高、完仲宜驻兵济宁、邹县等地，名为保障山东，实为防南师北上。双方均有避免两面作战的心态，因而均十分谨慎，虽在徐州发生过磨擦，但均未形成较大规模的交战。

　　二十七年，扩廓继续增兵关中，誓必决一雌雄，李思齐、张思道等渐感不支，使人求助于朝廷。朝廷因命左丞袁焕、知院安定臣、中丞明安帖木儿传旨，令两家罢兵。孙翥进密计于扩廓曰：“我西事垂成，不可误听息兵之旨。且袁焕贪人也，此非其本意。可令在京藏吏，私贿其家，则袁必助我。”袁焕受贿后，果对扩廓曰：“不除张、李，终为丞相后患。”于是扩廓攻张、李益急。七月，孙翥、赵恒又进计曰：“关中四军，李思齐最强，思齐破，则三军自下矣。今关中兵将，彼此相持不决，所畏者，惟貊高耳。宜急抽貊高一军，疾趋河中，自河中渡河驰凤翔，覆思齐巢穴，则渭北之军可降，此唐庄宗破汴梁之策也。”扩廓从之。（《庚申外史》）

　　八月，顺帝命皇太子总天下兵马，动员所有兵力，南下剿杀各地反元武装。诏书命扩廓帖木儿总领本部军马，自潼关以东，肃清江淮；李思齐总领本部军马，自凤翔以西，与侯伯颜达世进取川蜀；以少保秃鲁为陕西行中书省左丞相，驻扎本省，总本部及张良弼、孔兴、脱列伯各支军马，进取襄樊；王信本部军马，固守驻地，别听调遣。“诏书到日，汝等悉宜洗心涤虑，同济时艰”（《元史·顺帝纪》）。这道诏书显然是脱离实际的。自至正二十二年元军先后占领汴梁、平定山东后，立即代之以军阀混战，可谓国无宁日。元朝的军事力量用于内耗。当时没有任何人有力量把各支军阀加以统一指挥。

　　诏书下后，首先在扩廓军内发生兵变。貊高的部将多为孛罗帖本儿旧部将，对扩廓本来就心怀不满。当部队行至卫辉，部将夜聚商议道：“我为官军，扩廓为总兵，用我敌南军犹云可也。今者却闻檄我们粮，星驰往河中，渡河西趋凤翔，李思齐乃官军也，以官军杀官军如何？”于是发动兵变，胁貊高叛扩廓。貊高军攻破卫辉，杀守御官余仁辅；夺彰德，杀守御官范国英；引军至清化，闻怀庆有备，遂还彰德。貊高上奏曰：“人臣以尊君为本，以尽忠为心，以亲民为务。今总兵官扩廓帖木儿，岁与官军仇杀，臣等乃朝廷培养之人，素知忠义，焉能俛首听命。乞降明诏，别选重臣，以总大兵。”（《元史·顺帝纪》）