与此同时，关保也宣布脱离扩廓，上书朝廷，列扩廓罪状。关保、貊高皆察罕帖木儿老部将，关保勇冠诸军，功最高；貊高善论兵，为察罕所信任。元廷对扩廓拒不南攻江淮，而西攻关陕，又跋扈不从命，正欲削其兵权而找不到借口。貊高、关保上奏其罪状，正好是个机会。这时，皇太子用沙蓝答儿、帖林沙、伯颜帖木儿、李国凤计，立抚军院，总制天下军马，专备扩廓帖木儿。顺帝以貊高等能倡大义，赐号“忠义功臣”。

　　十月，顺帝以扩廓帖木儿不受调遣、构兵仇杀，免其太傅、中书左丞相职，以河南王食邑汝州（今河南汝南），与其弟脱因帖木儿同居河南府（今河南洛阳），所有从行官属悉令还朝。凡扩廓所总诸军，其主帐由白琐住、虎林赤领之；在河南者由李克彝领之；在山东者由也速领之；在山西者由沙蓝答儿领之；在河北者由貊高领之。又命秃鲁、李思齐、张良弼、孔兴、脱列伯率兵东来，准备南讨。扩廓帖木儿被迫交出兵权，退军屯泽州（今山西晋城）。

　　正当元廷内部倾轧之时，朱元璋在消失灭了劲敌张士诚割据势力后，南征北战同时开始了。十月二十一日，元璋正式下令，命中书右丞相徐达为征虏大将军、中书平章常遇春为副将军，率军25 万，由淮入河，北取中原。十一月，徐达陆续占领山东州郡。十二月，徐达军至济南，元平章忽林台等遁去。守将以城降。所俘元将官送至应天（今江苏南京），元璋对杨左丞等曰：“王保保本一孺子，承李察罕余烈骤得重权，恢复山东、河南、北诸郡，遽袭王爵，遂萌骄纵之心，岂有豪杰之见。..今王保保..自除官职，其麾下称左右丞、参政、院官，不可胜数。而各处钱粮皆收入军中，不供国用，此与叛乱何异？名虽尊元，实则跋扈。”（《明太祖实录》卷二八）这时的朱元璋已把扩廓帖木儿视为与“叛乱”无异的、专权跋扈的军阀。

　　至正二十八年（1368）正月，朱元璋即皇帝位，定国号为明，建元洪武。明军北伐正按既定方针向大都逼近，而元朝统治集团内部依然无止境地你争我斗。

　　正月，元命左丞孙景益分省太原，关保领兵守城。扩廓帖木儿立即遣兵进据太原，尽杀朝廷所置官。二月，皇太子命魏赛因不花及关保与李思齐、张良弼诸军夹攻泽州，顺帝下诏削夺扩廓爵邑，令诸军共诛之。扩廓自泽州退守晋宁（今山西临汾），关保据泽、潞二州，与貊高合。三月，明兵已至河南，汴梁守将李克彝遁走洛阳。至五月，明兵尽取河南，察罕帖木儿之父阿鲁温，以梁王金印出降。闰七月，貊高、关保以兵攻扩廓于晋宁，大败被俘。这时顺帝态度又一百八十度大转弯，下诏称：“关保、貊高，间谍构兵，可依军法处治。”于是两人皆被杀。是月十九日，顺帝诏罢大抚军院，杀提议成立大抚军院的知大抚军院事伯颜帖木儿、李国凤等。顺帝还不自量力地作了一番军事部署：“命扩廓帖木儿仍前河南王、太傅、中书左丞相，统领见部军马，由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也速统率大军，经由东道，水陆并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军，东出潼关，攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马，南出七盘、金、商，克服汴洛。四道进兵，掎角剿捕，毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普，平章（白）琐住等军，东西布列，乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花，郡王、知院厚孙等军，捍御海口，藩屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马，裁决庶务。”（《元史·顺帝纪》）接着顺帝即差哈完太子来督扩廓，命其出援京师、勤王御敌，扩廓得诏，提军由晋宁向大同。有人劝阻曰：“丞相率师勤王宜出井陉口，向真定（今河北正定），与河间也速军合，势可以遮截南军。若入云中（今山西大同），至燕京（即大都）沿途千里，无乃不可乎！”扩廓曰：“我潜师由紫荆口，出其不意，岂不可以图胜？”其幕僚赵恒、曩元辉则曰：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。乃要勤王，我驻云中，观其成败，徐为计耳。”（《庚申外史》）当时元都已危在旦夕，扩廓依然抱着观望态度，拒不勤王。至二十八日，明军势如破竹，兵临大都城下，当日夜半，顺帝率三宫后妃、皇太子、皇太子妃及扈从官员，开健德门北奔上都。八月初二，明军入大都，元亡。

　　拥兵抗明，退据漠北顺帝逃奔上都后，元朝残余势力仍不可忽视。扩廓帖木儿拥兵数十万屯驻山西，李思齐、张思道等盘踞陕西，辽阳有兵10 余万，梁王把匝剌瓦尔密守云南。实力最强的当然是山西扩廓帖木儿，明廷亦视其为头号劲敌。

　　明军占领大都后，并没有立即出关追击残元，因为山西扩廓帖木儿威胁不除，将后患无穷。八月，朱元璋命徐达、常遇春率师取山西。未几，又派偏将军汤和、右副将军冯宗异（即冯国胜）增援。明军分兵两路：南路由冯宗异等率领，扩廓部将平章韩札儿、毛义来攻，与明将杨景战于韩店，明军失利；冯宗异、汤和率师下潞州（今山西长治）。北路由徐达、常遇春率领，九月下保定，十月克真定，元平章孙克义降。这时明军已形成对太原夹击的态势。在上都的元顺帝，谋复大都心切，命皇太子出屯红罗山（今辽宁兴城北），觊觎关内；为拉拢扩廓，改封其为梁王，仍为中书左丞相，命其速出兵攻大都。扩廓率军至保安，拟经居庸关，乘虚收复京城。徐达得知，与诸将曰：“王保保率师远出，太原必虚，北平孙都督总六卫之师，足以镇御。我与汝等乘其不备，直抵太原，倾其巢穴。则彼进不得战，退无所依，此兵法所谓批抗 虚也。若彼还军求太原，则已为我牵制，进退失利，必成擒矣。”常遇春又提出用精兵夜袭其营。明兵至太原，扩廓自保安还军，双方对垒，列营二十余里，相持3 日，徐达果然夜袭，以扩廓部将豁鼻马为内应。扩廓仓猝不知所出，匹马只鞋夜遁，从者仅18 骑。豁鼻马以城降。扩廓直奔大同。①明师乘胜追至大同，于是猗氏、平阳、榆次、平遥、介休等地次第而下。山西尽为明军所有。时大同已为明军占领，扩廓遂奔甘肃。