至正十四年（1354 年）以徐寿辉为首的天完政权处于极为不利的形势下，天完政权主要领导人被迫潜伏于山泽之间，活动相当困难，但他们并没有丧失信心，而是积极恢复和组织力量，等待时机掀起更大规模的反元斗争。这一点可从已发现的治平四年（1354 年）颁发的“统军元帅府印”中得到证实。这方铜印证明了天完政权当时仍有自己的根据地，并继续在委任各级将领。事实上当时仍有许多红巾军余部在活动，如欧普祥在袁州，史普清在奉新，李普成、王普敬在瑞州周围。

　　高邮之战为天完红巾军再起提供了机会。至正十四年正月，张士诚据高邮（今属江苏）称诚王，国号大周。九月，元顺帝命右丞相脱脱率百万大军前往镇压。十二月，城之将下，顺帝下诏削脱脱兵权，“大军百万，一时四散..其散而无所附者，多从红军，铁甲一军入襄阳，号铁甲兵者是也”（《庚申外史》）。于是，天完红巾军乘机壮大队伍，开始出击，进入反元斗争的第二阶段。

　　至正十五年（1355）正月，倪文俊攻克沔阳。文俊，号蛮子，黄州黄陂渔家子。他是蕲州起义最早的成员之一，勇敢善战，“用多桨船，疾如风，昼夜兼行湖江，出人不意，故多克捷”（《草木子》卷三《克谨篇》），寿辉命为统军元帅。天完红巾军处于低潮时，文俊仍积极活动，积聚力量，故能抓住时机再起。及文俊攻克沔阳后，实际上揭开了天完军第二阶段战史的序幕。

　　当时驻守湖广的元军主要是宽彻普化的军队。宽彻普化因武昌失守被夺王印，后因镇压天完军立有战功，至正十四年十二月，元顺帝下诏还其印，仍镇守武昌。文俊再起后，宽彻普化命其子报恩奴、接待奴、佛家奴以大船四十余艘水陆并进，攻沔阳。兵至汉川县鸡鸣汊，水浅船搁不能行。文俊以火筏尽焚其船，接待奴、佛家奴败死，报恩奴自杀，随行妃妾为文俊所获。宽彻普化逃奔陕西。三月，徐寿辉遣元帅扫地冯由安陆攻襄阳，元襄阳万户杨克忠投汉水死。五月，元军复襄阳。倪文俊自沔阳克中兴，元将朵儿只班战死。

　　面对天完红巾军的再起，元廷重新结集军事力量，以湖广行省平章政事咬住为总兵官，领本省军马并江州苗军杨完者、黄州李胜等军守御湖广，命章佩监丞普颜帖木儿、翰林修撰烈瞻招谕沔阳，四川行省平章政事玉枢虎儿吐华等助之。元军在加紧军事进攻的同时，不断采取诱降办法，以分化瓦解起义军。七月，倪文俊攻克武昌、汉阳。这时元军进一步大调动，知枢密院事答儿麻监藏、四川行省左丞沙剌班、湖南同知宣慰使刘答儿麻失里屯兵中兴，湖广行省平章政事桑哥、亦秃浑及秃秃屯兵襄阳，参知政事哈林秃、王塔失帖木尔屯兵沔阳，又命河南行省平章政事从便调度湖广行省左丞卜兰奚所领苗军，江浙行省平章政事卜颜帖木儿守御蕲州、黄州、兰溪等地。十一月，元以湖广行省左丞相统领湖广、荆湘诸军，镇压天完军。面对元军咄咄逼人的势态，天完红巾军继续攻城夺池，扩大战果。是月，徐寿辉遣军克饶州、克都昌，招降都昌“义兵”头目于光，命为江东宣慰元帅，镇守饶州。十二月，天完军克婺源，进军徽州路各县。

　　至正十六年（1356）正月，倪文俊重建天完政权于汉阳，迎徐寿辉入居，改元太平。自任丞相，以邹普胜为太师。同月，天完军经过反复激战后，占领徽州，并由歙县东逾昱岭关，一度攻占于潜、昌化。但这条战线上红巾军并不顺利，汪同等地主武装夺回徽州及休宁、祁门、婺源、黟县等地。倪文俊自率大军进攻湖南，取得巨大战果，三月克常德，五月克澧州、攻辰州（今沅陵），八月克衡州（今衡阳），十二月克岳州。次年二月，倪文俊又破峡州，占领鹿卢夫。天完统军元帅明玉珍开始进军四川。

　　与此同时，巢湖水师也开始出击。至正十三年底，赵普胜、李普胜退到黄墩后，与俞廷玉父子、廖永安兄弟、赵伯仲兄弟及张德胜、叶升、桑世杰、华高等连水寨于巢湖，由于与庐州左君弼不和，赵、李急欲寻求同盟，以求出路。至正十五年春，原濠州红巾军郭子兴部将朱元璋自滁阳（今安徽滁县）取和州（今安徽和县），因城中乏食，欲渡江取采石，但苦于无舟楫。赵普胜欲与元璋结盟，助其渡江，但李普胜企图乘机杀元璋，吞并其部队，结果被元璋识破，将李普胜杀死。赵普胜闻讯后率部分水师归附天完政权，而俞廷玉等则投奔朱元璋，巢湖水师发生分裂。赵普胜率水师离开巢湖，进驻枞阳，南下夺取池州、青阳等地。至正十六年曾两度围攻安庆，杀元怀庆县达鲁花赤伯家奴。

　　倪文俊虽然在重建天完政权上立下了巨大功劳，但他经不起敌人的引诱，曾经动摇过。早在至正十五年初在沔阳俘威顺王诸子、妃妾后，元顺帝“特降诏招抚”（《草木子》卷三《克谨篇》），诱以官、禄，文俊求为湖广行省平章政事，因元廷中有人反对未成，文俊遂杀威顺王诸子。之后，文俊战功显赫，更加居功自傲，虽位居天完政权丞相，仍不能满足其篡权野心。至正十七年九月，倪文俊图谋杀害徐寿辉，事败逃奔黄州其部下陈友谅处，反被友谅杀死。友谅尽并其兵，自称宣慰使，旋称平章政事。这时，友谅已实际上控制了天完政权的军权。

　　当时天完政权控制的范围，主要有长江中游地区、洞庭湖周围和鄱阳湖地区北部，加上进入四川的明玉珍部、控制袁州周围的欧普祥部和在池州一带活动的巢湖水师赵普胜部。在天完政权控制范围之外，元军和地主武装仍有强大实力。但这时北方形势发生了很大变化，北方红巾军已经建立了宋政权，吸引了元军的主力，并发动了三路北伐，逐渐进入鼎盛时期。这一形势十分有利于天完政权发兵出击元军在南方的各据点。