尽管军机处权力很大，但时刻处于皇帝的严密监视之下，为了不使“大权旁落”，削弱皇权，从雍正开始，又采取一系列限制办法，以掣其权，从而保证皇帝“乾纲独揽”，皇帝不交办的事务，军机处无权过问。即使交办的事务，也只是遵照皇帝意旨协助处理，“而不能稍有赞画于其间也”①。② 《清史稿》卷176《军机大臣年表》。

　　① 赵翼：《瞻曝杂记》卷1。

　　军机处设置以后，皇帝之下的中枢权力，随着军机处权力的扩大而逐渐发生转移。首先，议政王大臣会议的权力进一步削弱。雍正时期，为了使旗人“只知有君主，不知有管主”，继续推行康熙末年开始的削弱八旗王公旗主权力的政策，对旗主实行严格的监督。军国大计已不交议政王大臣会议讨论，议政王大臣也只是一个虚衔，既无应办之事，又无处置之权，殊属有名无实，乾隆帝弘历便于乾隆五十六年（1791）十月，下令取消议政大臣名称。其次，雍正、乾隆时期内阁的权力，亦受到极大的限制。尽管雍正时将大学士的品位提升为正一品，内阁大学士成为皇帝之下的最高官员，犹如列朝的丞相，“勋高位极”，“品列皆首文班”，但如不入军机处兼任军机大臣，就唯有空名，并无多大实权。因为军机处权力扩大以后，内阁被排斥于机密政务之外，军机处撰拟的谕旨诏令，不经过内阁，而直接由军机处密封，经驿马递送给各地方督抚，称为“廷寄”，直接交给中央各部院的称为“交片”，各地方的奏折也不经内阁而直接交军机处。特别是乾隆十三年（1748）以后，停止使用奏本，奏折与题本成为两种并行的上行文书。中央和地方官员往往先用奏折向皇帝密报机密事物，而题本只报告一般例行公事。这样，主管题本的内阁，所处理的只是通过题本上行下达的一般例行公事，其实际权力大大削弱。

　　这样一来，军机处就把议政王大臣会议和内阁的职权集于一身，直接听命于皇帝，皇权得到高度的发挥，也在一定程度上简化了办事手续，提高了行政效率。

　　此外，清朝为了加强对少数民族，特别是对蒙古族、藏族、回族地区的统治，在朝廷设置理藩院，专管“外藩”事务，其地位与六部相当。雍正元年（1723）以后，以满洲王公、大学士兼理院事。

　　中央中枢机构的权力高度集中，皇帝在任用官员方面也别具一格。一方面在中央机构中实行“满汉复职制度”，如在内阁，规定大学士、协办大学士满汉皆用；在六部，规定尚书满汉各一员，左右侍郎满汉各一员。另一方面，让满族官员处于掌实权的核心地位，虽然满汉官员同任一职，决定权却往往掌握在满洲贵族手中，军机处的领班军机大臣，一般大多是满洲贵族。至于议政王大臣会议，清一色的全部是满洲贵族所组成。再从中央中枢机构高级官员的人数上看，也是旗人占优势。据统计，从顺治三年到光绪二十年（1646——1894），内阁和六部的官员中，从大学士、尚书、侍郎、员外郎、主事，旗人任职的约占400 名，而汉人任职的只有160 余名。这些都表明，清朝统治者不仅高度集中权力，同时将核心权力交由满洲贵族执掌，并利用满洲贵族监视汉族官员，从而达到“乾纲独揽”。

　　常设督抚编制保甲清代地方机构设省、道、府（州、厅）、县（州、厅）四级。行省（简称省）是地方最高一级行政组织，每一省或二省、三省设总督一人，总督是地方最高长官，俗称制台。总督掌管所统辖地区的文武、军民，总理戎政，戍守疆土。道、府副将以下官员都由总督向朝廷奏请升迁和罢黜，并有对外交涉之权。每省另设巡抚一人，是一省地方政务的长官，主管考核地方官员、督理粮饷、关税、漕政、督察科举考试和兼理军事。总督和巡抚在明朝中后期初设时是属临时派遣性的，清朝固定为常设官员。督抚同属统辖一方的封疆大吏。总督例兼兵部尚书及都察院右都御史，为从一品官，巡抚亦例兼兵部侍郎和都察院右副都御史，衔为正二品官，均以军职而兼民政，监察地方。清代在鸦片战争前设总督8 个，即直隶总督（管辖今河北及内蒙一部分）、两江总督（江苏、安徽、江西）、闽浙总督（福建、浙江、台湾）、湖广（湖南湖北）总督、云贵总督、两广总督（广东、广西、海南岛）。分任各省的巡抚18 个，即江苏、江西、安徽、山东、山西、河南、福建、浙江、湖南、陕西、广东、广西、云南、贵州、湖北、四川、直隶、甘肃，其中直隶、甘肃、四川等省由总督兼巡抚。督抚是清朝在地方实行统治的支柱，所以清朝统治者历来选派亲信充任，以便加强对地方权力的控制，是皇权在地方上的代表。总督和巡抚一般多用满人和汉军旗人。康熙时，一般汉人任督抚的“十无二三”。乾隆时，巡抚满汉各半，而总督仍多用满人。后来，也有汉人充任总督，巡抚中汉人的比重也逐渐增加。为了对总督和巡抚的权力加以限制，并使其互相牵制，有时一省既设总督，又置巡抚，督抚同住一城，督抚事权交叉，而统一于中央。每省督抚之下设布政使和按察使，分别管理行政和司法。

　　此外，清代还有相当于省一级的特别行政区，一是新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地区，一是京畿地区和盛京地区。清代在新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地设有驻戍将军、办事大臣、参赞大臣、领队大臣、帮办大臣等官员，署理所辖地区军政事务。盛京地区是清皇朝祖宗发祥之地，京畿地环卫皇城，所以亦设置特殊地方政权。清入关以后，把盛京作为“留都”，并于盛京地方设辽阳府，顺治十四年（1657）改为奉天府，设府尹一人，掌管盛京地方政事。乾隆二十七年（1762）规定由盛京将军节制。乾隆三十年（1765）又实行军民分治，府尹亦由盛京六部特简大臣兼任。京畿地区设顺天府，管辖京师及附近州县，掌京畿地区政事。雍正元年（1723）以后，由六部尚书、侍郎内特简大臣一人兼管府尹事。奉天、顺天两府府尹可直接向皇帝奏事，其地位相当于各省的巡抚。