康熙八年（1669）五月，玄烨在有了一定准备之后，认准了时机，果断地采取了行动，在鳌拜单身入宫时，利用预先埋伏的布库侍卫，一举拿下鳌拜，并大索其党羽，从而结束了“鳌拜辅政”。

　　玄烨认为，“欺朕专权，恣意妄为”是鳌拜主要罪过。康亲王杰书等胪列鳌拜罪状三十条，其中与其结党擅权有关的二十三条，不敬太皇太后的二条，对册立皇后妒忌、私买奴仆的五条。朝臣均请置之重典。但皇帝顾及鳌拜系顾命大臣，效力年久，免于一死，“从宽革职，仍行拘禁”。其从弟穆里玛及党羽班布尔善等伏诛者九人。并给冤死的辅政大臣苏克萨哈昭雪，恢复其官爵，令其子承袭世职。被鳌拜无辜杀害的苏纳海、朱昌祚、王登联亦予昭雪，追赐谥号、祭葬。遏必隆免死，削去太师及后加公爵，令其宿卫内廷。

　　清除鳖拜集团，是玄烨亲政后的重大举措，对于后来康熙时期的社会发展，有一定的积极作用。

　　① 《清圣祖实录》卷22。

　　② 《清圣祖实录》卷27。

　　第二节强化统治机构加强思想控制设军机处乾纲独断清代专制主义中央集权制度发展到康熙、雍正、乾隆时期，呈现日益强化的趋势。中央中枢机构的权力逐渐高度集中，君主皇权进一步加强。

　　康熙时期，议政王大臣会议和内阁既为皇上效劳，遵循帝旨，处理各事，又在一定程度上对皇权起了一些限制作用。国家重要的军政大事，仍经皇帝批令议政王大臣会议，“每朝期坐中左门外会议，如坐朝仪”①。参加议政王大臣会议的满洲王公贵族，由于其地位较高，皇帝有时也不得不尊重他们的意见。皇帝为了集中权力，于康熙末年，派诸皇子管理八旗事物。这样就将旗主的权力接管了过来，直接控制了八旗。而随着八旗王公旗主势力的削弱，议政王大臣会议也日益趋于衰落。

　　清代内阁正式设置于顺治十五年（1658），由原内三院改称。玄烨冲年践位，鳌拜等四大臣辅政时期，曾废内阁，恢复内三院。玄烨亲政除鳖拜之后，于康熙九年（1670 年）又恢复了内阁制度，自此，内阁制度一直延续到清末。内阁有大学士、协办大学士、学士、侍读学士、中书等官员。大学士加三殿（保和殿、文华殿、武英殿）、三阁（体仁阁、文渊阁、东阁）名称。大学士，协办大学士，满、汉皆用，无定员。内阁是清代辅佐皇帝处理国家政务的中枢机关之一，居六部之上，地位崇高。但是，即使在康熙时期，内阁作为一个中枢机构，虽地位崇高，其实际权力仍受到多方的限制。首先，奏折制度削夺了内阁的部分权力。清初，无论是官员报告公务的题本，还是报告个人私事的奏本都必须经过内阁票拟，才能送到皇帝手中，这样，内阁的意见就会对皇帝发生一定的影响。康熙中期较大范围内推行避开内阁的奏折制度。即凡有奏折权的官员，由皇帝发给折匣，匣上加锁，钥匙由皇帝和官员各执一把。官员具奏时，派人直接送达御前，皇帝览阅批示之后，又派专人将折匣送回。这样完全避开了内阁的牵制。其次是南书房的设置，又分割了内阁的一部分权力。所以内阁当时实际上只是一个承旨出政的中央最高办事机构。

　　康熙十六年（1677）十月，玄烨在皇宫内乾清门右阶下设置了南书房，在翰林等官员中“择词臣才品兼优者”入值。入值者称“南书房行走”，除陪伴皇帝赋诗填词、写字作画外，还秉承皇帝的意旨起草诏令，“撰述谕旨”，内阁只办理例行事务，实际上是将内阁的部分权力移植到南书房。由于南书房“非崇班贵胄、上所亲信者不得入”①，所以南书房完全是皇帝严密控制的一个机要机构，随时承旨出诏行令。但国家大政仍属内阁，皇帝以南书房① 昭梿：《啸亭杂录》卷2《议政大臣》。

　　① 肖奭：《永宪录》卷1。

　　和内阁互相牵制，互为补充，使皇权得到充分的发挥。

　　从雍正时期开始，专制主义中央集权程度又进一步大大提高，就有清一代来说，雍正的君主权力可以说达到登峰造极的地步。

　　雍正年间，由于连年对西北准噶尔部用兵，往返军报频繁，而内阁办公地点在太和门外，距内廷较远，既不便于保守军事机密，又不便于皇帝亲授机宜，于是在雍正七年（1729）六月，于皇帝住处隆宗门附近，设立了军机房。雍正十年（1732）三月，军机房改称军机处（全称：处理军机事务处）。军机处初设时，就是为了“筹办军务”，即处理军务机要，所以既无正式衙署，只有“值庐”（临时性的简陋办公处所），亦无专职官员，都是“内廷差使”。当时在军机处入值的军机大臣、军机章京，都是带原官衔兼在军机处处理事务。这个原属临时性的军事机构，在完成其历史使命之后，本应裁撤，但因为这个机构有利于专制皇权的发挥，不但未予裁撤，反而权力不断扩大，以致成为凌驾于内阁和议政王大臣会议之上的最高权力中枢。这样，内而六部卿寺，及九门提督，内务府太监之敬事房，外而十八省，无事不综汇，“军国大计，罔不总揽”②。直至光绪二十七年（1901），另设督办政务处，方略分其职。至宣统三年（1911）改设责任内阁时，军机处方废止，前后执政180 多年。

　　军机处之所以能由“筹办军务”的临时机构，转而成为执掌军国大计的常设机构，完全是为适应专制主义中央集权统治的需要。军机处地处内廷，便于宣召，皇帝意旨能迅速贯彻执行，并具有严格的保密性，即使王公大臣，没有皇帝特旨，也不准到军机处值房。甚至其帘前窗外、阶下，均不许闲人窥视。皇帝召见军机大臣，连太监也不许在侧。军机处有官无吏，全部工作由军机大臣主持，军机章京办理，职官简练，“办事较为密速”，效率高。军机大臣由皇帝在满汉大学士、尚书、侍郎、京堂等官内特简，然后应召入值。军机章京由军机大臣在内阁中书及六部司员中挑选优长文笔者传取任用，人数无定额，且属兼差。尽管地位显赫，但若皇帝不满意，随意可以斥罢回原衙门，完全是听命于皇帝的附庸。军机处扩大以后，具体职掌主要有六：一是撰拟谕旨和处理奏折；二为议大政，议后提出应因、应革、应止、应行等处理意见，奏报皇帝裁夺；三系谳大狱，参与重大案件审拟；四乃参与重要官员的任免和考试；五是随侍皇帝出巡，奉旨出京查办事件；六系为皇帝准备处理政事的参考资料。权力所及，均系朝廷军政大计。