在此期间，钱大昕还致力于古典文献的整理。中国古代文化光辉灿烂，传世文献也浩如烟海，汗牛充栋，但经历代辗转传钞、翻刻，错讹极多。为了顺利地进行整理，钱大昕首先精研《说文》、《尔雅》等文字、训诂之书。在此基础上，乾隆三十六年，他与同族的另一位学者钱坫一起校正了《白虎通》、《广雅》两书。此后，在《四库全书》纂修期间，他还亲自参加从《永乐大典》中搜辑佚书的工作，先后从中辑出《易稽览图》、《宝刻类编》两种古籍。其中《宝刻类编》后来被收入《四库全书》史部金石类，而《易稽览图》则未被收入《四库全书》，但从钱大昕所作的序中尚可窥见该书的大致内容①。所有这些，不但为古典文献的保存和流传作出了贡献，也对他的治学风格的形成产生了一定影响。

　　乾隆三十九年（1774），钱大昕在主持河南乡试时，被任命为广东学政，于是随即便道赴粤就任。到任半年之后，乾隆四十年五月，钱大昕接到父亲去世的凶讯，遂星夜返故里，也就结束了二十多年的仕宦生活。

　　① 《四库全书总目》卷68，页597，《史部-地理类一》，中华书局1965 年版。① 王鸣盛：《潜研堂金石文跋尾序》。

　　① 钱大昕：《潜研堂诗文集》卷24，《易稽览图序》商务印书馆“国学基本丛书本”第二集。第三节晚年归隐学术成就斐然从乾隆四十年钱大昕丁忧回乡，至嘉庆九年（1804）去世，是他一生中的第三个时期。这三十年间，他先后应邀主讲江宁锺山书院（乾隆四十三年至四十六年）、太仓娄东书院（乾隆五十年至五十三年）、苏州紫阳书院（乾隆五十四年至嘉庆九年），前后共达二十四年。乾隆嘉庆之际，锺山、娄东、紫阳三书院都是汉学家的重要阵地，在讲授内容上，也大多以经学训诂为主。钱大昕出任院长期间，尊奉汉学成法，教育学生研读经书，还大力提倡读史。在他的提倡下，不长时间，便先后培养出了一大批经史兼通的人才，为乾嘉时期学术气氛的活跃和文化事业的繁荣作出了贡献。在此同时，由于摆脱了官场庶务的纠缠和羁绊，兼之以教学活动的推动，他在学术研究上也进入了黄金时代。以研究方向而论，不仅在已经开拓的领域内继续有所深入，而且学术成果也大大超过了中年以前。他的几部重要学术著作如《廿二史考异》、《疑年录》、《元氏族表》、《元史艺文志》、《四史朔闰考》、《十驾斋养新录》等差不多都是在这个时期完成的。除此，在古典文献的整理和地方志、金石的研究上，他也都取得了新的进展。

　　《廿二史考异》是钱大昕归隐之后最先完成的一部重要学术著作。全书凡百卷，以读史札记的形式对除《旧五代史》、《明史》之外的二十二部正史的文字和史实进行了全面的研究。早在青年时期，他即酷爱读史，走上仕途后，因为学术研究的需要，又通读了自古至今的全部正史。在读书过程中，他认真细心，发现问题，即书于另纸。这样日积月累，卷帙滋多。乾隆三十二年乞假归里时，曾对之进行初步整理，设教锺山书院期间，又就有关内容与周围学者深入讨论，反复修改，始将是书最终编就。此书是他大半生心血的结晶，实际上是反映了他的史学成就之代表作，在清代学术史上占据着重要地位。

　　首先，在治史方法上，从对历代正史的文字进行校勘入手，发现并订正了旧史记载中的大量的错误和阙略，为后人继续深入研究提供了丰富的经过鉴别的史料。由于作者脚踏实地，注重证据，学风朴实，不尚空谈，凡经作者论定的史事，大都确实无误，铁案难移。其次，在治史范围上，冲破了当时学者中普遍存在的“陋史荣经”，不读两汉以后史书的陋习，将研究范围扩大到了除《旧五代史》、《明史》之外的全部正史，表现了作者远大的目光，渊博的学识和深厚的功力。再次，在治史态度上，对前哲旧说，既不盲从，又不苛求。所载内容，凡有与前人暗合者则削而去之，如有得自他人启示者则必录其人姓名，以示不掠人美之意。所有这些，不但使该书在乾嘉时期的史学研究著作中独树一帜，而且对乾嘉以后直至近现代史学研究都产生了深远的影响。

　　此书编成后，钱大昕又将后来研究所得编为《三史拾遗》、《诸史拾遗》两书。此两书与《廿二史考异》一起构成了反映钱大昕学术思想的重要的著作。

　　《疑年录》是钱大昕继《廿二史考异》之后撰成的另一学术著作。在长期的治史实践中，他深切地体会到知人论世对于学术研究的重要性。为此先后撰写了《洪文惠公年谱》、《洪文敏公年谱》、《深宁先生年谱》、《陆放翁年谱》、《王弇州年谱》等著作。在主讲娄东书院期间，他又将所作各谱之意加以推广著成《疑年录》一书。此书凡四卷，按先后次序登录了东汉经师郑玄至清朝戴震约三百多位学者的生卒年代。而后，在紫阳书院任教期间，钱大昕又著成《补唐学士年表》、《五代学士年表》、《宋学士年表》各一卷，从而为后来学者治史提供了重要的臂助。

　　在此期间，钱大昕还致力于元史的研究，取得了巨大的成就。元朝是一个由蒙古民族统治者建立起来的皇朝，统治中国前后近一个世纪。元朝灭亡后，宋濂、王祎等奉明太祖朱元璋之命撰成《元史》。因为成书仓促，冗杂漏略，事迹错误比比皆是，不足以称为信史。钱大昕早在北京仕宦任上，便立志重修一部元史。为此，他在反复研究《元史》、《元朝秘史》、《元典章》等基本史料的基础上，对《元史》旧目进行增删并依目录陆续著成《元史稿》、《元诗纪事》两书初稿多篇。但归里后，有关资料缺乏，加之学术研究过于忙碌等诸多原因，钱大昕只对其中的《氏族表》、《元史艺文志》缮成清本，却未来得及对其他手稿最后编定，致使上述两书在钱大昕去世后散佚，这是十分可惜的。但从传世的《氏族表》、《艺文志》看来，其资料搜罗之广，内容考订之精都远在同类著作之上，为后人开展对元史的研究保存了可贵的资料。与此同时，钱大昕还将宋、辽、金、元四史和各种有关记载相互参订，撰成《四史朔闰考》一书，为后人从事宋、辽、金、元史的研究提供了极大的方便。《十驾斋养新录》是钱大昕晚年较有影响的学术著作。此书于嘉庆四年任教紫阳书院时最后编就，嘉庆八年刊印行世。全书凡二十卷、八百余条，是其一生读书札记的汇编。由于他学识渊博，“不专治一经，而无经不通；不专攻一艺，而无艺不精”①。该书就是一个明证，它于经学、史学、官制、地理、姓氏、典籍、金石、词章、术数等各门类知识几乎无所不及，所探讨的问题，也多为“精确中正之论”②。此书刊行后，钱大昕又继续研究，将所得编为《养新余录》，在他去世后，由其后人刊印行世。《十驾斋养新录》自刊行一百多年来，一直为学界所推重。